Paquet : tvc (5.0.3+git20151221.80e144e+dfsg-5 et autres)

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genetic variant caller for Ion Torrent sequencing platforms

Torrent Variant Caller (TVC) is a genetic variant caller for Ion Torrent sequencing platforms, and is specially optimized to exploit the underlying flow signal information in the statistical model to evaluate variants. Torrent Variant Caller is designed to call single-nucleotide polymorphisms (SNPs), multi-nucleotide polymorphisms (MNPs), insertions, deletions, and block substitutions.

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dépendances

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enhances

dep: libarmadillo12 (>= 1:12.6.1+dfsg) [non riscv64]

bibliothèque simplifiée d'algèbre linéaire en C++

dep: libarmadillo12 (>= 1:12.6.7+dfsg) [riscv64]
dep: libbamtools2.5.2 (>= 2.5.2+dfsg)

bibliothèque dynamique de manipulation de fichiers BAM (alignement de génomes)
dep: libblas3 [sparc64]

implémentation de référence en algèbre linéaire de base - bibliothèque partagée

ou libblas.so.3

paquet virtuel fourni par libatlas3-base, libblas3, libblis4-openmp, libblis4-pthread, libblis4-serial, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial
dep: libc6 (>= 2.34) [non alpha, ia64, sh4]

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]
dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
dep: libdisorder0 (>= 0.0.2)

library for entropy measurement of byte streams
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, mips64el, s390x, x32]

bibliothèque de prise en charge de GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64, ppc64el]

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]
dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

bibliothèque de prise en charge de GCC
dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

bibliothèque de prise en charge de GCC
dep: libjsoncpp25 (>= 1.9.5)

library for reading and writing JSON for C++
dep: liblapack3 [sparc64]

bibliothèque de routines algébriques version⋅3 –⋅version partagée

ou liblapack.so.3

paquet virtuel fourni par libatlas3-base, liblapack3, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial
dep: libsmithwaterman0 (>= 0.0+git20160702.2610e25)

determine similar regions between two strings or genomic sequences (lib)
dep: libstdc++6 (>= 13.1) [non alpha]

bibliothèque standard C++ de GNU v3

dep: libstdc++6 (>= 13.2.0-2) [alpha]
dep: libunwind8 [ia64]

bibliothèque pour déterminer la chaîne d'appel d'un programme –⋅exécutable
dep: python3

langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

Bibliothèque de compression - binaires

Télécharger tvc

Télécharger pour toutes les architectures proposées
Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	5.0.3+git20151221.80e144e+dfsg-5+b1	1 025,9 ko	3 734,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	5.0.3+git20151221.80e144e+dfsg-5+b1	1 072,7 ko	3 449,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	5.0.3+git20151221.80e144e+dfsg-5+b1	982,0 ko	3 349,0 ko	[liste des fichiers]
armel	5.0.3+git20151221.80e144e+dfsg-5+b1	955,0 ko	3 133,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	5.0.3+git20151221.80e144e+dfsg-5+b1	968,4 ko	2 665,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	5.0.3+git20151221.80e144e+dfsg-5+b1	1 014,0 ko	3 227,0 ko	[liste des fichiers]
i386	5.0.3+git20151221.80e144e+dfsg-5+b1	1 102,7 ko	3 496,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	5.0.3+git20151221.80e144e+dfsg-5+b1	1 176,5 ko	5 139,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	5.0.3+git20151221.80e144e+dfsg-5+b1	957,1 ko	3 232,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	5.0.3+git20151221.80e144e+dfsg-5+b1	991,3 ko	3 753,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	5.0.3+git20151221.80e144e+dfsg-5+b1	1 054,8 ko	3 935,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	5.0.3+git20151221.80e144e+dfsg-5+b1	1 065,0 ko	3 733,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	5.0.3+git20151221.80e144e+dfsg-5+b1	1 040,2 ko	2 937,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	5.0.3+git20151221.80e144e+dfsg-5+b1	1 049,4 ko	3 500,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	5.0.3+git20151221.80e144e+dfsg-5+b1	1 045,5 ko	3 088,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	5.0.3+git20151221.80e144e+dfsg-5+b1	951,6 ko	5 541,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	5.0.3+git20151221.80e144e+dfsg-5+b1	1 058,6 ko	3 323,0 ko	[liste des fichiers]