Paquet : python3-pyfastx (2.1.0-1)

Liens pour python3-pyfastx

Ressources Debian :

Télécharger le paquet source pyfastx :

Responsables :

Ressources externes :

Page d'accueil [github.com]

Paquets similaires :

fast random access to sequences from FASTA/Q file - python3 module

The pyfastx is a lightweight Python C extension that enables users to randomly access to sequences from plain and gzipped FASTA/Q files. This module aims to provide simple APIs for users to extract sequence from FASTA and reads from FASTQ by identifier and index number. The pyfastx will build indexes stored in a sqlite3 database file for random access to avoid consuming excessive amount of memory. In addition, the pyfastx can parse standard (sequence is spread into multiple lines with same length) and nonstandard (sequence is spread into one or more lines with different length) FASTA format.

It features:

 * a single file for the Python extension;
 * lightweight, memory efficient FASTA/Q file parsing;
 * fast random access to sequences from gzipped FASTA/Q file;
 * sequences reading from FASTA file line by line;
 * N50 and L50 calculation of sequences in FASTA file;
 * GC content and nucleotides composition calculation;
 * reverse, complement and antisense sequences extraction;
 * excellent compatibility: support for parsing nonstandard FASTA file;
 * support for FASTQ quality score conversion;
 * a command line interface for splitting FASTA/Q file.

This package provides the python3 module.

Autres paquets associés à python3-pyfastx

dépendances

recommandations

suggestions

enhances

dep: libc6 (>= 2.28) [non alpha, armel, armhf, hppa, ia64, m68k, sh4]

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.34) [armel, armhf, hppa, m68k]

dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]
dep: libc6.1 (>= 2.28) [alpha]

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
dep: libsqlite3-0 (>= 3.5.9)

Bibliothèque partagée SQLite 3
dep: python3

langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3
dep: python3-pyfaidx

efficient random access to fasta subsequences for Python 3

Télécharger python3-pyfastx

Télécharger pour toutes les architectures proposées
Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	66,1 ko	459,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	66,8 ko	305,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	62,3 ko	327,0 ko	[liste des fichiers]
armel	59,7 ko	271,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	60,1 ko	215,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	67,5 ko	327,0 ko	[liste des fichiers]
i386	71,1 ko	321,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	76,9 ko	493,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	60,2 ko	271,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	55,9 ko	347,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	69,6 ko	455,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	70,8 ko	455,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	67,1 ko	271,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	64,2 ko	319,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	69,0 ko	321,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	55,6 ko	2 127,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	66,0 ko	281,0 ko	[liste des fichiers]