Paquet : umis (1.0.9-1 et autres)

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Paquets similaires :

tools for processing UMI RNA-tag data

Umis provides tools for estimating expression in RNA-Seq data which performs sequencing of end tags of transcript, and incorporate molecular tags to correct for amplification bias.

There are four steps in this process.

 1. Formatting reads
 2. Filtering noisy cellular barcodes
 3. Pseudo-mapping to cDNAs
 4. Counting molecular identifiers

Autres paquets associés à umis

dépendances

recommandations

suggestions

enhances

dep: libc6 (>= 2.17)

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb
dep: python3

langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

dep: python3 (<< 3.13)

dep: python3 (>= 3.12~)
dep: python3-click

kit de création d’interface en ligne de commande – Python 3.x
dep: python3-pandas

structures de données pour des données « relationnelles » ou « étiquetées »
dep: python3-pysam

interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)
dep: python3-regex

alternative regular expression module (Python 3)
dep: python3-scipy

outils scientifiques pour Python 3
dep: python3-toolz

List processing tools and functional utilities

sug: umis-examples

outils pour traiter les données de marqueurs d’ARN – exemples

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Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
ppc64el	1.0.9-1+b1	32,3 ko	158,0 ko	[liste des fichiers]