Paquet : t-coffee (13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1)

Liens pour t-coffee

Ressources Debian :

Télécharger le paquet source t-coffee :

Responsables :

Ressources externes :

Page d'accueil [www.tcoffee.org]

Paquets similaires :

alignement multiple de séquences

T-Coffee est un programme d'alignement multiple de séquences. À partir d'un ensemble de séquences (protéines ou ADN), T-Coffee crée un alignement multiple. Les versions 2.00 et supérieures peuvent mélanger les séquences et les structures.

T-Coffee permet la combinaison de collection d'alignements multiples ou par paires de séquences, globaux ou locaux, dans un modèle unique. Il peut aussi estimer le niveau de cohérence de chaque position dans le nouvel alignement avec les autres alignements. Veuillez vous référer à l'épreuve incluse pour plus d'informations.

T-Coffee dispose d'une variante appelée M-Coffee qui permet la combinaison de sorties de nombreux paquets d'alignement de séquences. Dans sa version publiée, il utilise MUSCLE, PROBCONS, POA, DiAlign-TS, MAFFT, Clustal W, PCMA et T-Coffee. Une version spéciale, DM-Coffee, a été faite pour Debian. Cette version n'utilise que des logiciels libres grâce au remplacement de Clustal W par Kalign. L'utilisation des huit méthodes proposées par M-Coffee peut parfois s'avérer lourde. Il est néanmoins possible de n'en utiliser qu'un sous-ensemble de son choix.

Étiquettes: Domaine: Biologie, Bio-informatique, Mis en œuvre en: implemented-in::c, interface::commandline, Rôle: Programme, Champ d'application: Utilitaire, But: use::analysing, use::comparing, Format pris en charge: Étiquette supplémentaire nécessaire, works-with-format::plaintext, works-with::TODO

Autres paquets associés à t-coffee

dépendances

recommandations

suggestions

enhances

dep: libc6 (>= 2.34)

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4)

bibliothèque de prise en charge de GCC
dep: libstdc++6 (>= 4.1.1)

bibliothèque standard C++ de GNU v3

rec: amap-align

alignement multiple de séquences protéiques par appariement
rec: clustalo

programme à usage général d'alignement de plusieurs séquences pour les protéines
rec: clustalw

alignement de séquences de nucléotides ou de peptides
rec: dialign-tx

alignement séquentiel multiple basé sur les segments
rec: fsa

Fast Statistical Alignment of protein, RNA or DNA sequences
rec: kalign

Alignement séquentiel multiple global et progressif
rec: libsoap-lite-perl

Perl implementation of a SOAP client and server
rec: libxml-simple-perl

Perl module for reading and writing XML
rec: mafft

programme d'alignement multiple pour des séquences de nucléotides ou d'acides aminés
rec: muscle

programme d'alignements multiples de séquences de protéine
rec: mustang

alignement structurel multiple de protéines
rec: ncbi-blast+

suite d'outils de recherche de séquences BLAST de dernière génération
rec: poa

alignement d'ordre partiel pour les alignements multiples de séquences
rec: prank

Probabilistic Alignment Kit for DNA, codon and amino-acid sequences
rec: probcons

alignement de séquences multiples basé sur la cohérence probabiliste
rec: proda

Alignement multiple de séquences protéiques
rec: tm-align

alignement structurel de protéines

sug: boxshade

Rendu élégant d'alignements multiples de séquences
sug: seaview

interface multiplateforme pour l’alignement de séquences et la phylogénie
sug: t-coffee-examples

exemples annotés pour l'utilisation de T-Coffee

Télécharger t-coffee

Télécharger pour toutes les architectures proposées
Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
ppc64el	1 063,4 ko	3 402,0 ko	[liste des fichiers]