Paquet : seer (1.1.4-8)
Liens pour seer
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Télécharger le paquet source seer :
Responsables :
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Ressources externes :
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Paquets similaires :
genomic sequence element (kmer) enrichment analysis
Bacterial genomes vary extensively in terms of both gene content and gene sequence - this plasticity hampers the use of traditional SNP-based methods for identifying all genetic associations with phenotypic variation. SEER provides a computationally scalable and widely applicable statistical method for the identification of sequence elements that are significantly enriched in a phenotype of interest. SEER is applicable to even tens of thousands of genomes by counting variable- length k-mers using a distributed string-mining algorithm. Robust options are provided for association analysis that also correct for the clonal population structure of bacteria. Using large collections of genomes of the major human pathogen Streptococcus pneumoniae, SEER identifies relevant previously characterised resistance determinants for several antibiotics.
Autres paquets associés à seer
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- dep: libarmadillo14 (>= 1:14.0.1+dfsg)
- bibliothèque simplifiée d'algèbre linéaire en C++
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- dep: libblas3
- implémentation de référence en algèbre linéaire de base - bibliothèque partagée
- ou libblas.so.3
- paquet virtuel fourni par libatlas3-base, libblas3, libblis4-openmp, libblis4-pthread, libblis4-serial, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial
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- dep: libboost-program-options1.83.0 (>= 1.83.0)
- bibliothèque d'options de programmes pour C++
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- dep: libc6 (>= 2.38)
- bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb
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- dep: libgcc-s1 (>= 3.0)
- bibliothèque de prise en charge de GCC
-
- dep: libgzstream0 (>= 1.5+dfsg)
- provide functionality of zlib C-library in a C++ iostream
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- dep: libhdf5-103-1t64
- HDF5 C runtime files - serial version
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- dep: libstdc++6 (>= 14)
- bibliothèque standard C++ de GNU v3
-
- dep: libtext-csv-perl
- comma-separated values manipulator (using XS or PurePerl)
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- dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)
- Bibliothèque de compression - binaires
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- sug: fsm-lite
- frequency-based string mining (lite)
Télécharger seer
| Architecture | Taille du paquet | Espace occupé une fois installé | Fichiers |
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| ppc64el | 1 172,2 ko | 5 347,0 ko | [liste des fichiers] |