Paquet : stacks (2.66+dfsg-1 et autres) [debports]
Liens pour stacks
Ressources Debian :
Télécharger le paquet source :
IntrouvableResponsables :
Ressources externes :
- Page d'accueil [creskolab.uoregon.edu]
Paquets similaires :
pipeline for building loci from short-read DNA sequences
Stacks is a software pipeline for building loci from short-read sequences, such as those generated on the Illumina platform. Stacks was developed to work with restriction enzyme-based data, such as RAD-seq, for the purpose of building genetic maps and conducting population genomics and phylogeography.
Note that this package installs Stacks such that all commands must be run as: $ stacks <cmdname> <args>
Autres paquets associés à stacks
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- dep: bsdextrautils
- utilitaires supplémentaires de 4.4BSD-Lite
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- dep: libc6.1 (>= 2.37)
- bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb
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- dep: libdbi-perl
- interface base de données en Perl (DBI)
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- dep: libgcc-s1 (>= 4.2)
- bibliothèque de prise en charge de GCC
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- dep: libgomp1 (>= 6)
- bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)
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- dep: libhts3t64 (>= 1.17)
- C library for high-throughput sequencing data formats
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- dep: libstdc++6 (>= 13.1)
- bibliothèque standard C++ de GNU v3
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- dep: libunwind8
- bibliothèque pour déterminer la chaîne d'appel d'un programme –⋅exécutable
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- dep: python3
- interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
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- dep: samtools
- traitement d'alignements de séquence pour les formats SAM et BAM et CRAM
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- dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)
- Bibliothèque de compression - binaires
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- rec: libspreadsheet-writeexcel-perl
- module to create Excel spreadsheets
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- rec: littler
- interface en ligne de commande et script GNU R – paquet de transition
un paquet virtuel est également fourni par r-cran-littler
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- sug: gdb
- débogueur GNU
un paquet virtuel est également fourni par gdb-minimal
Télécharger stacks
Architecture | Version | Taille du paquet | Espace occupé une fois installé | Fichiers |
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ia64 (portage non officiel) | 2.66+dfsg-1+b1 | 1 286,9 ko | 11 193,0 ko | [liste des fichiers] |