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Paquet : fastqc (0.12.1+dfsg-4)

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Paquets similaires :

contrôle qualité pour les données de séquences à haut débit

FastQC a pour objectif de fournir un moyen simple de faire des contrôles de qualité sur des données de séquences brutes provenant de pipelines de séquençage à haut débit. Il propose un ensemble modulaire d'analyses pouvant être utilisées pour donner une impression rapide des problèmes dont l'utilisateur devrait être au courant avant de faire une analyse plus poussée.

Les principales fonctions de FastQC sont :

 - import des données des fichiers BAM (version binaire compressée de SAM),
    SAM (« Sequence Alignment/Map ») ou FastQ (n'importe quelle variante) ;
 - fournir un aperçu rapide pour indiquer les zones dans lesquelles il
    peut y avoir des problèmes ;
 - des graphes de résumé et des tables pour évaluer rapidement les
    données ;
 - export des résultats vers un rapport permanent en HTML ;
 - fonctionnement hors ligne afin de permettre la génération de rapports
    automatiques sans exécuter l'application interactive.

Autres paquets associés à fastqc

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