Paquet : cgview (0.0.20100111-7)

visionneuse de génome circulaire

CGView est un paquet Java pour créer des cartes de haute qualité et zoomables de génomes circulaires. Son but principal est de servir de composant d'infrastructures d'annotation de séquences, comme un moyen de générer une sortie visuelle adaptée pour le web. Les informations de caractéristiques et les options de rendu sont fournies au programme grâce à un fichier XML, un fichier délimité par les tabulations ou un fichier ptt NCBI. CGView convertit l'entrée en une carte graphique (au format PNG, JPG ou SVG) complète avec des étiquettes, un titre, des légendes et des annotations. En plus de la carte complète par défaut, le programme peut créer une série de cartes hyperliées montrant des vues agrandies. Les cartes liées peuvent être explorées avec n'importe quel navigateur, ce qui permet une navigation rapide dans le génome et facilite le partage de données. Les étiquettes de caractéristiques dans les cartes peuvent être des liens vers des ressources externes, permettant aux cartes CGView d'être intégrées avec du contenu de site web ou des bases de données existants.

En plus de l'application CGView, une API est disponible pour créer des cartes depuis d'autres applications Java avec le paquet cgview.

CGView peut être utilisé pour :

 — la visualisation et la navigation de génome bactérien ; CGView peut
   être incorporé dans des infrastructures d'annotation de génome
   bactérien comme un moyen de créer du contenu web pour la visualisation
   de données et la navigation. Le contenu de la carte ne nécessite pas
   d'applet Java ou de greffon de navigateur particulier ;
 — la génération de poster de génome ; CGView peut créer des images de la
   taille d'un poster de génomes circulaires dans des formats d'images
   rasterisés ou au format SVG ;
 — la visualisation d'analyse de séquence ; CGView peut servir à afficher
   la sortie de programmes d'analyse de séquences dans un contexte
   circulaire.

Fonctions de CGView :

 — création d'images aux formats PNG, JPG ou SVG. Voir la galerie CGView ;
 — création de cartes statiques ou interactives. Les cartes interactives
   utilisent des images standard PNG et des cartes d'images HTML. La sortie
   SVG est incluse dans les cartes interactives (voir l'exemple) ;
 — l'entrée XML permet un contrôle complet sur l'apparence de la carte ;
 — des fichiers d'entrée délimités par des tabulations et des fichiers ptt
   NCBI peuvent servir d'alternative au format XML ;
 — l'API CGView peut servir à intégrer CGView dans des applications Java ;
 — l'applet CGView peut servir à intégrer des cartes zoomables dans les
   pages web (voir l'exemple) ;
 — le serveur CGView peut servir à créer des cartes en ligne.

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