Paquet : dotter (4.44.1+dfsg-7.1 et autres)

comparaison détaillée de deux séquences génétiques

Dotter est un programme graphique de matrices de points (dot-matrix) pour comparer en détail deux séquences.

 –⋅chaque résidu d'une séquence est comparé avec chaque résidu d'une
   autre, et une matrice de scores est calculée ;
 –⋅une séquence est positionnée sur l'axe des abscisses, l'autre sur
   l'axe des ordonnées ;
 –⋅le bruit est filtré pour que les alignements apparaissent comme des
   lignes diagonales ;
 –⋅les scores par paire sont indiqués sur une fenêtre glissante pour
   rendre leur matrice plus intelligible ;
 –⋅la matrice du score moyen constitue une représentation
   tridimensionnelle, avec les deux séquences dans deux dimensions
   et la hauteur des sommets dans la troisième. Ce paysage est
   projeté en deux dimensions en utilisant une image en échelle de
   gris où plus le gris d'un sommet est sombre, plus le score est
   élevé ;
 –⋅le contraste et les contours de l'image en échelle de gris
   peuvent être ajustés de manière interactive, sans qu'il soit
   nécessaire de recalculer la matrice du score ;
 –⋅un outil d'alignement est fourni pour observer l'alignement de la
   séquence représentée par l'image en échelle de gris ;
 –⋅les paires de score élevé connues peuvent être chargées à partir
   d'un fichier GFF et superposées sur le tracé ;
 –⋅des modèles de gènes peuvent être chargés à partir de GFF puis
   affichés sur l'axe pertinent ;
 –⋅comparaison d'une séquence avec elle-même pour chercher les
   répétitions internes ;
 –⋅recherche des chevauchements entre plusieurs séquences en faisant
   un graphique de ressemblance (dot-plot) de toutes les séquences sur
   elles-mêmes ;
 –⋅fonctionnement de Dotter en mode automatique (batch) pour créer
   en tâche de fond des graphiques de ressemblance grands et
   chronophages.

Étiquettes: Boîte à outils d'interface utilisateur: GTK

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