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Paquet : ssake (4.0-2)

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application de génomique pour assembler des millions de séquences très courtes d’ADN

Short Sequence Assembly par recherche de K-mer et l’extension de troisième lecture (SSAKE) est une application de génomique pour assembler énergiquement des millions de séquences courtes de nucléotides en recherchant progressivement les « 3′-most k-mers » en utilisant un arbre de préfixes d’ADN. SSAKE est conçu pour aider à exploiter les informations de lectures de courtes séquences en les regroupant rigoureusement dans des contigs pouvant être utilisés pour caractériser les cibles de séquençage nouvelles.

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