Paquet : sim4 (0.0.20121010-5)

Outil d'alignement d'ADNc et d'ADN génomique

sim4 est un outil se basant sur les similitudes pour aligner une séquence d'ADN exprimée (EST, ADNc, ARNm) avec une séquence génomique pour un gène. Il détecte également les correspondances de terminaisons lorsque deux séquences entrées se recouvrent sur une terminaison (c.-à-d. le début d'une séquence recouvre la fin de l'autre).

sim4 emploie une technique de découpage pour d'abord déterminer les blocs de base en correspondance représentant les exons fondamentaux. Dans un premier temps, il détermine toutes les correspondances exactes possibles entre W-mères (c.-à-d. les séquences d'ADN de taille W) des deux séquences et les étend jusqu'à une taille maximale de segment sans lacune. Dans un second temps, les exons fondamentaux sont étendus aux fragments adjacents n'ayant pas encore de correspondance en utilisant des algorithmes d'alignement gourmands, et des approches heuristiques sont utilisées pour privilégier les configurations conformes aux signaux de reconnaissance de site soudé (GT-AG, CT-AC). Si nécessaire, le traitement est répété avec des paramètres moins contraignants sur les fragments sans correspondance.

Étiquettes: Domaine: Biologie, Bio-informatique, Mis en œuvre en: implemented-in::c, interface::commandline, Rôle: Programme, Champ d'application: Utilitaire, But: use::comparing, use::searching, Format pris en charge: Étiquette supplémentaire nécessaire, works-with-format::plaintext, works-with::TODO

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