Paquet : pirs (2.0.2+dfsg-8)

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Paquets similaires :

Profile based Illumina pair-end Reads Simulator

The program pIRS can be used for simulating Illumina PE reads, with a series of characters generated by Illumina sequencing platform, such as insert size distribution, sequencing error(substitution, insertion, deletion), quality score and GC content-coverage bias.

The insert size follows a normal distribution, so users should set the mean value and standard deviation. Usually the standard deviation is set as 1/20 of the mean value. The normal distribution by Box-Muller method is simulated.

The program simulates sequencing error, quality score and GC content- coverage bias according to the empirical distribution profile. Some default profiles counted from lots of real sequencing data are provided.

To simulate reads from diploid genome, users should simulate the diploid genome sequence firstly by setting the ratio of heterozygosis SNP, heterozygosis InDel and structure variation.

Autres paquets associés à pirs

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enhances

dep: fonts-liberation

police de caractères similaire à Times, Arial et Courier
dep: gnuplot

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un paquet virtuel est également fourni par gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11
dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.17) [arm64]

dep: libc6 (>= 2.4) [armhf, i386]
dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [amd64, arm64]

bibliothèque de prise en charge de GCC

dep: libgcc1 (>= 1:3.5) [armhf]

dep: libgcc1 (>= 1:4.2) [i386]
dep: libgomp1 (>= 4.9)

bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)
dep: libgzstream0 (>= 1.5+dfsg)

provide functionality of zlib C-library in a C++ iostream
dep: libstdc++6 (>= 5.2)

bibliothèque standard C++ de GNU v3
dep: pirs-profiles

profile basd Illumina pair-end Reads Simulator (profile data)
dep: zlib1g (>= 1:1.2.0.2)

Bibliothèque de compression - binaires

Télécharger pirs

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	109,7 ko	375,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	101,6 ko	351,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	98,4 ko	293,0 ko	[liste des fichiers]
i386	117,0 ko	381,0 ko	[liste des fichiers]