Paquet : last-align (963-2)
Liens pour last-align
Ressources Debian :
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- Fichier de licence
- Suivis des correctifs pour Debian
Télécharger le paquet source last-align :
Responsables :
- Debian Med Packaging Team (Page QA, Archive du courrier électronique)
- Charles Plessy (Page QA)
- Andreas Tille (Page QA)
Ressources externes :
- Page d'accueil [last.cbrc.jp]
Paquets similaires :
comparaison de séquences biologiques à l'échelle du génome
LAST est un logiciel permettant de comparer et aligner des séquences, typiquement des séquences d'ADN ou de protéines. LAST est similaire à BLAST, mais il s'en sort mieux avec les grandes quantités de données de séquences. Voici deux choses pour lesquelles LAST est bon :
- la comparaison de grands génomes (ceux de mammifères par exemple) ;
- la mise en correspondance de nombreuses étiquettes de séquences avec un
génome.
La principale innovation technique vient du fait que LAST trouve les correspondances initiales en se basant sur leur multiplicité au lieu d'utiliser une taille fixe (par exemple, BLAST utilise des 10-mers). Cela permet de faire correspondre des étiquettes aux génomes sans masques répétitifs, sans être débordé par les correspondances répétitives. Pour trouver ces correspondances de tailles variables, il utilise un tableau de suffixes inspiré de Vmatch. Afin d'avoir une grande sensibilité, LAST utilise a tableau de suffixes non contigu, similaires aux seeds espacées.
Autres paquets associés à last-align
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- dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]
- bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.17) [arm64]
- dep: libc6 (>= 2.4) [armhf, i386]
-
- dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [amd64, arm64]
- bibliothèque de prise en charge de GCC
- dep: libgcc1 (>= 1:3.5) [armhf]
- dep: libgcc1 (>= 1:4.2) [i386]
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- dep: libstdc++6 (>= 6)
- bibliothèque standard C++ de GNU v3
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- dep: parallel
- build and execute command lines from standard input in parallel
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- dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)
- Bibliothèque de compression - binaires
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- rec: python
- langage interactif de haut niveau orienté objet (version Python2)
-
- rec: python-pil
- Python Imaging Library (fourche de Pillow)
Télécharger last-align
| Architecture | Taille du paquet | Espace occupé une fois installé | Fichiers |
|---|---|---|---|
| amd64 | 737,1 ko | 3 543,0 ko | [liste des fichiers] |
| arm64 | 634,1 ko | 3 139,0 ko | [liste des fichiers] |
| armhf | 576,2 ko | 2 443,0 ko | [liste des fichiers] |
| i386 | 670,8 ko | 3 655,0 ko | [liste des fichiers] |