Paquet : baitfisher (1.2.7+git20180107.e92dbf2+dfsg-1)

paquet logiciel de conception de sondes d'enrichissement hybrides

Le paquet BaitFisher est constitué de deux programmes : BaitFisher et BaitFilter.

BaitFisher a été conçu pour construire des BAIT (Bioinformatic Analysis of Inherited Templates) d'enrichissement hybrides à partir de plusieurs alignements de séquences (MSA) ou de fonctions annotées dans des MSA. L'objectif principal de BaitFisher est d'éviter la redondance dans la construction des BAIT en concevant moins de BAIT dans les régions conservées des MSA et en concevant plus de BAIT dans les régions variables. Cela utilise le fait que les BAIT d'enrichissement hybrides peuvent différer des régions cibles qu'elles devraient capturer dans la procédure d'enrichissement. En indiquant la distance autorisée entre les BAIT et les séquences dans les MSA, l'utilisateur peut contrôler cette distance et le degré de réduction dans le nombre de BAIT conçus. Veuillez consulter l'article sur BaitFisher pour plus de détails.

BaitFilter a été conçu (i) pour déterminer si des BAIT sont liés de façon non spécifique à un génome de référence, (ii) pour filtrer des BAIT qui n'ont qu'une correspondance de longueur partielle avec un génome de référence, (iii) pour déterminer la région de BAIT optimale dans un MSA et pour convertir les BAIT dans un format pouvant être envoyé à une société construisant des BAIT. La région de BAIT optimale peut être la région la plus conservée dans le MSA ou la région ayant le plus grand nombre de séquences sans trou ou nucléotides ambigus.

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