Paquet : cct-examples (20170919+dfsg-1)

données d’exemple pour tester le paquet cct

L’outil de comparaison CGView (CCT) est un paquet pour comparer visuellement des séquences bactériennes, de plasmides, de chloroplastes ou mitochondriales intéressantes à des génomes existants ou des collections de séquences. Les comparaisons sont conduites avec BLAST, et leurs résultats sont présentés sous forme de cartes graphiques qui peuvent aussi montrer des caractéristiques de séquences, des noms de gènes ou de protéines, des affectations de catégories COG et des caractéristiques de compositions de séquences. CCT peut créer des cartes des plusieurs tailles, y compris en cartes de 400 mégapixels pour faire des posters. Les comparaisons peuvent être menées dans une espèce ou un genre (subdivision biologique) particuliers, ou tous les génomes disponibles peuvent être utilisés. Tout le processus de création de carte, du téléchargement de séquences au redessin de cartes zoomées, peut être accompli facilement grâce aux scripts inclus dans CCT. Les fonctions définies par l’utilisateur ou les résultats d’analyses peuvent être inclus dans les cartes, et les cartes peuvent être largement personnalisées. Pour simplifier la configuration du programme, une machine virtuelle CCT incluant toutes les dépendances préinstallées est disponible. Des tutoriels détaillés illustrant l’utilisation de CCT sont inclus avec la documentation de CCT.

Ce paquet fournit les données qui peuvent servir d’exemple. Il s’agit des mêmes données que celle utilisées dans autopkgtest.

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