Paquet : freebayes (1.2.0-2)
Liens pour freebayes
Ressources Debian :
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- Journal des modifications Debian
- Fichier de licence
- Suivis des correctifs pour Debian
Télécharger le paquet source freebayes :
Responsables :
- Debian Med Packaging Team (Page QA, Archive du courrier électronique)
- Brad Chapman (Page QA)
- Andreas Tille (Page QA)
Ressources externes :
- Page d'accueil [github.com]
Paquets similaires :
détection bayésienne de polymorphismes basée sur les haplotypes et génotypage
FreeBayes est un détecteur de variant génétique bayésien conçu pour détecter des petits polymorphismes, plus spécialement les polymorphismes d'un seul nucléotide (SNP), les indels (insertions et suppressions), les polymorphismes de nucléotides multiples (MNP) et les évènements complexes (évènements d’insertion et de substitution composites), plus petits que la longueur d’un alignement de séquençage de lecture courte.
Autres paquets associés à freebayes
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- dep: libbamtools2.5.1
- bibliothèque dynamique de manipulation de fichiers BAM (alignement de génomes)
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- dep: libc6 (>= 2.14)
- bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb
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- dep: libdisorder0 (>= 0.0.2)
- library for entropy measurement of byte streams
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- dep: libfastahack0 (>= 0.0+git20160702.bbc645f)
- library for indexing and sequence extraction from FASTA files (lib)
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- dep: libfml0
- library for assembling Illumina short reads in small regions
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- dep: libgcc1 (>= 1:3.0)
- bibliothèque de prise en charge de GCC
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- dep: libhts2 (>= 1.0)
- C library for high-throughput sequencing data formats
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- dep: libjsoncpp1 (>= 1.7.4)
- library for reading and writing JSON for C++
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- dep: libseqlib1 (>= 1.1.2+dfsg)
- C++ htslib/bwa-mem/fermi interface for interrogating sequence data
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- dep: libsmithwaterman0 (>= 0.0+git20160702.2610e25)
- determine similar regions between two strings or genomic sequences (lib)
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- dep: libssw0
- fast SIMD parallelized implementation of the Smith-Waterman algorithm
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- dep: libstdc++6 (>= 5.2)
- bibliothèque standard C++ de GNU v3
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- dep: libtabixpp0
- C++ wrapper to tabix indexer
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- dep: libvcflib1
- C++ library for parsing and manipulating VCF files
-
- dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)
- Bibliothèque de compression - binaires
-
- rec: parallel
- build and execute command lines from standard input in parallel
Télécharger freebayes
Architecture | Taille du paquet | Espace occupé une fois installé | Fichiers |
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amd64 | 997,6 ko | 3 441,0 ko | [liste des fichiers] |