Paquet : bolt-lmm (2.3.2+dfsg-3 et autres)
Liens pour bolt-lmm
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Paquets similaires :
test efficace d’association de modèles mixtes bayésiens sur tout le génome de grandes cohortes
Le paquet BOLT-LMM consiste actuellement en deux algorithmes principaux, l’algorithme BOLT-LMM pour le test d’association de modèles mixtes, et l’algorithme BOLT-REML pour l’analyse de variance de composants (par exemple, partitionnement d’héritabilité SNP et estimation de corrélations génétiques).
L’algorithme BOLT-LMM calcule des statistiques pour tester des associations entre des phénotypes et des génotypes en utilisant un modèle linéaire mixte. Par défaut, BOLT-LMM suppose une distribution bayésienne de probabilité antérieure (« prior ») de mélange de normales pour l’effet aléatoire attribué aux SNP autres que celui testé. Ce modèle généralise le modèle mixte infinitésimal standard utilisé par les méthodes d’association de modèles mixtes précédents, fournissant une plus grande puissance pour détecter des associations tout en contrôlant les faux positifs. De plus, BOLT-LMM applique les avancées algorithmiques pour calculer des statistiques d’association de modèle mixte bien plus rapidement que les méthodes basées sur la décomposition en éléments propres, à la fois en utilisant le modèle de mélange bayésien et quand l’association de modèle mixte, spécialisé vers standard, est utilisée.
L’algorithme BOLT-REML estime l’héritabilité expliquée par les SNP génotypés et les corrélations génétiques parmi plusieurs traits mesurés sur le même ensemble d’individus. BOLT-REML applique une analyse de variance de composants pour réaliser ces tâches et prend en charge à la fois la modélisation multicomposant pour partitionner l’héritabilité SNP et la modélisation multitrait pour estimer les corrélations. BOLT-REML applique un algorithme de Monte-Carlo qui est bien plus rapide que les méthodes basées sur la décomposition en éléments propres pour l’analyse de variance de composants pour de grandes tailles d’échantillons.
Autres paquets associés à bolt-lmm
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- dep: libboost-iostreams1.67.0
- bibliothèque Boost.Iostreams
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- dep: libboost-program-options1.67.0
- bibliothèque d'options de programmes pour C++
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- dep: libc6 (>= 2.14)
- bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb
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- dep: libgcc1 (>= 1:3.0)
- bibliothèque de prise en charge de GCC
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- dep: libgfortran5 (>= 8)
- bibliothèque d'exécution pour les applications Fortran GNU
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- dep: libgomp1 (>= 4.9)
- bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)
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- dep: liblapack3
- bibliothèque de routines algébriques version⋅3 –⋅version partagée
- ou liblapack.so.3
- paquet virtuel fourni par libatlas3-base, liblapack3, libopenblas-base
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- dep: libnlopt0 (>= 2.2.4)
- nonlinear optimization library
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- dep: libopenblas-base
- Optimized BLAS (linear algebra) library (shared library)
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- dep: libstdc++6 (>= 5.2)
- bibliothèque standard C++ de GNU v3
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- dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)
- Bibliothèque de compression - binaires
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- sug: bolt-lmm-doc
- Paquet indisponible
Télécharger bolt-lmm
| Architecture | Version | Taille du paquet | Espace occupé une fois installé | Fichiers |
|---|---|---|---|---|
| amd64 | 2.3.2+dfsg-3+b1 | 323,5 ko | 925,0 ko | [liste des fichiers] |