Paquet : pftools (3+dfsg-3)

construction et recherche de profils généralisés de protéine et d’ADN

Le paquet pftools fournit tous les logiciels nécessaires pour construire des profils généralisés de protéine et d’ADN et les utiliser pour numériser et aligner des séquences et rechercher dans des base de données.

Formats de fichier utilisés par pftools :

 – syntaxe et format de profils généralisés ;
 – format d’alignement multiple de séquences (PSA) ;
 – format d’alignement multiple de séquences avec en-tête étendu (XPSA).

Programmes pour construire des profils généralisés :

 – pfmake : construction d’un profil à partir d’alignement multiple de séquences ;
 – pfscale : adaptation de paramètres d’une distribution d’extrémums à une liste
   de scores de profil ;
 – pfw : peser de séquences d’alignement multiple de séquences pour un correction
   d’échantillons biaisés ;

Programmes pour rechercher avec des profils généraux :

 – pfsearch/pfsearchV3 : bibliothèque de recherche d’une séquence de protéine ou
   d’ADN pour des segments de séquence correspondant à un profil (V3 est la
   nouvelle version de cet outil) ;
 – pfscan : analyse d’une séquence de protéine ou d’ADN avec une bibliothèque
   de profils ;

Programmes de conversion :

 – psa2msa : changement de format de fichier PSA en un fichier Pearson/Fasta
   d’alignement multiple de séquence ;
 – ptof : conversion d’un profil de protéine dans un profil « recherche par
   cadre » pour rechercher des séquences d’ADN (à utiliser avec 2ft) ;
 – 2ft : conversion des brins d’ADN dans des séquences d’ADN appelées
   « traduites en cadres entrelacés » pour rechercher avec des profils de
   protéine (à utiliser avec ptof) ;
 – 6ft : traduction de six cadres de lectures d’une séquence d’ADN à double brin
   en séquences individuelles de protéine ;
 – pfgtop : conversion d’un profil du format GCG au format PROSITE ;
 – pfhtop : conversion d’un modèle de Markov caché (HMM) HMMER1 au format ASCII
   en un profil équivalent PROSITE ;
 – ptoh : conversion d’un profil généralisé en un profil HMM approximativement
   équivalent HMM au format HMMER1 (lecture possible par le programme hmmconvert
   du paquet HMMER2).

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