Paquet : msxpertsuite (5.8.9-1)

suite logicielle de spectrographie de masse – métapaquet

MsXpertSuite fournit des programmes pour modéliser la chimie des (bio)polymères linéaires, la simulation de données spectrométriques de masse, l’analyse et l’exploration de données de masse. C’est le successeur de polyXmass de GNU et ensuite de massXpert.

Les programmes massXpert et mineXpert permettent les actions suivantes.

MassXpert :

 — faire de nouvelles définitions de la chimie des polymères ;
 — utiliser les définitions pour réaliser des calculs simples à la manière
   d'une calculatrice de bureau ;
 — réaliser la modification de séquences de polymères sophistiqués et des
   simulations ;
 — réaliser des comparaisons de listes m/z.

Les simulations chimiques incluent le clivage (chimique ou enzymatique), les fragmentations en phase gazeuse, la modification chimique d'un monomère de la séquence de polymères, la réticulation de monomères dans la séquence, les recherches massives et arbitraires, le calcul du modèle isotopique, etc.

MineXpert :

 — ouvrir les fichiers de données de spectrométrie de masse
   (mzML, mzXML, asc, xy…) ;
 — calculer et afficher le chromatogramme TIC ;
 — pour les données de mobilité, calculer et afficher une représentation
   colorée de mz=f(dt) ;
 — intégrer les données d’un chromatogramme TIC ou d’une représentation
   colorée :
   — en spectre de masse,
   — en spectre de dérive,
   — revenir à un chromatogramme TIC (chromatogramme XIC),
   — inverser les opérations,
   — en valeur unique d’intensité (pour des comparaisons
     d’intensités spectrale de masse) ;
 — modéliser des pics de centres de masse en spectre de masse en utilisant
   soit le modèle gaussien soit le modèle lorentzien ;
 — exporter les données en fichiers textuels ;
 — découper un gros fichier initial en plus petites tranches pour une
   exploration des données plus facile ;
 — définir comment l’exploration des données est enregistrée sur le disque
   pour une utilisation ultérieure ;
 — convertir les fichiers mzML dans un format privé (quoique ouvert) de
   spectrographie de masse qui permet une meilleure performance (basé
   sur SQLite3).

Ce paquet dépend à la fois des paquets massXpert et mineXpert et donc installera les deux. Pour un seul paquet, le paquet correspondant, msxpertsuite-massxpert ou msxpertsuite-minexpert est à installer.

Étiquettes: Boîte à outils d'interface utilisateur: Qt

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