Paquet : seqprep-data (1.3.2-5)

ensemble de données d’exemple pour seqprep – pour tests uniquement

SeqPrep est un programme pour fusionner les lectures Illumina « paired end » qui se chevauchent dans une unique lecture plus longue. Il peut aussi être utilisé pour sa fonction de taillage sans réaliser aucun chevauchement « paired end ». Quand une séquence adaptative est présente, cela signifie que deux lectures doivent se chevaucher (dans la majorité des cas) et qu’ainsi elles sont forcement fusionnées. Quand les lectures n’ont pas de séquence adaptative, elles doivent être traitées précautionneusement lors de la réalisation de la fusion, donc une approche plus spécifique doit être envisagée. Les paramètres par défaut ont été choisis en pensant à la spécificité, de façon qu’ils puissent être exécutés sur les bibliothèques où de très rares lectures sont supposées se chevaucher. Cependant, il est toujours plus sûr d’économiser la procédure de chevauchement pour les bibliothèques où il est connu qu’une quantité significative de ces lectures auront quelques chevauchements.

Ce paquet n’est pas nécessaire pour une utilisation normale de seqprep. Il fournit quelques données de test ainsi qu’un script de test.

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