Paquet : minimap (0.2-5)

correspondances approximatives de longues séquences biologiques telles que les lectures d’ADN

Minimap est un outil expérimental pour trouver efficacement des positions approximatives multiples correspondantes entre deux ensembles de longues séquences biologiques, tels qu’entre des lectures d’ADN et des génomes de référence ou entre des génomes et des lectures longues brouillées. Minimap ne crée pas d’alignements pour le moment et, à cause de cela, il est habituellement dix fois plus rapide que les principaux aligneurs. Il ne les remplace pas mais peut être utile pour identifier rapidement des correspondances approximatives longues, divergeant modérément, parmi une immense collection de séquences. Pour cette tâche, il est beaucoup plus rapide que la plupart des outils existants.

Étiquettes: Domaine: Biologie, Bio-informatique, Mis en œuvre en: implemented-in::c, interface::commandline, Rôle: Programme, Champ d'application: scope::utility, use::calculating, Fonctionne avec: Séquence biologique

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