Paquet : tandem-mass (1:201702011-1)

logiciel de spectrométrie de masse pour l’identification de protéines

X! Tandem peut faire la correspondance de spectrométrie de masse en tandem avec des séquences de peptide, dans un processus qui est couramment utilisé pour réaliser l’identification de protéines.

Ce logiciel a une interface de programmation applicative (IPA) très simple et non sophistiquée : elle prend un fichier XML d’instructions sur sa ligne de commande et produit le résultat sous forme de fichier XML ayant été indiqué dans le fichier XML d’entrée. Le format de la sortie est décrit dans http://www.thegpm.org/docs/X_series_output_form.pdf.

Au contraire de quelques moteurs de recherche de générations précédentes, tous les moteurs des séries X! calculent la fiabilité statistique (valeurs espérées) pour toutes les affectations spectre-vers-séquence particulières. Ils réassemblent toutes les affectations de peptide dans un ensemble de données sur les séquences de protéine connues et affecte la fiabilité statistique de non aléatoirité de cet assemblage et alignement. La formule pour cela est disponible sur https://www.thegpm.org/docs/peptide_protein_expect.pdf. Par conséquent des logiciels d’assemblage et d’analyse statistique distincts, par exemple, PeptideProphet et ProteinProphet, n’ont pas besoin d’être utilisés.

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