Paquet : disulfinder (1.2.11-10)

prédiction de pont disulfure et de leur connectivité

Disulfinder sert à la prédiction de pont disulfure pour des cystéines et leur connectivité en partant d’une séquence seule. Les ponts disulfures jouent un rôle majeur dans la stabilisation des processus de repliement pour plusieurs protéines. La prédiction de ponts disulfures à partir d'une séquence seule est par conséquent utile pour l’étude des propriétés structurelles et fonctionnelles de protéines particulières. De plus, la connaissance de l’état de pont disulfure de cystéines peut aider le processus de détermination expérimentale de la structure et peut être utile pour d’autres travaux d’annotations génomiques.

Disulfinder prédit les modèles disulfures en deux étapes de calcul : (1) l’état de pont disulfure de chaque cystéine est prédit par une classification binaire BRNN-SVM. (2) Les cystéines connues pour participer à la formation de ponts sont associées par un réseau neuronal récursif (Recursive Neural Network) pour obtenir un modèle de connectivité.

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