Paquet : mindthegap-examples (2.2.2-2)

Liens pour mindthegap-examples

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Ressources externes :

Page d'accueil [github.com]

Paquets similaires :

scripts facultatifs et ressources d’exemple pour mindthegap

Ce paquet est conçu pour appeler des assertions de n’importe quelle taille, qu'elles soient nouvelles ou dupliquées, homozygotes ou hétérozygotes dans le génome du donneur. Il prend en entrée un ensemble de lectures et un génome de référence. Il produit deux ensembles de séquences FASTA : l'un est un ensemble de points d’interruption (breakpoint) de sites d’insertion détectés, l’autre est un ensemble d’insertions assemblées pour chaque point d’interruption. MindTheGap peut être aussi utilisé comme un outil pour terminer l’assemblage de génome. Il peut remplir les trous dans un ensemble de contigs d’entrée sans aucun a priori de leur orientation et ordre relatifs. Les résultats sont produits dans un fichier gfa. Il est à noter que ce paquet est destiné à recevoir le paquet mindthegap et ne sert que d’exemple sur la façon dont ce dernier peut être utilisé.

Autres paquets associés à mindthegap-examples

dépendances

recommandations

suggestions

enhances

dep: bsdextrautils

utilitaires supplémentaires de 4.4BSD-Lite

ou bsdmainutils (<< 12.1.1~)

paquet de transition pour plus d’utilitaires de FreeBSD
dep: python3

langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

rec: mindthegap

détection et assemblage de variantes d’insertion d’ADN dans les ensembles de lectures NGS

Télécharger mindthegap-examples

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
all	599,3 ko	699,0 ko	[liste des fichiers]