Paquet : e-mem (1.0.1-4)

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Paquets similaires :

calcul efficace des MEM pour de très grands génomes

E-MEM permet le calcul efficace du nombre maximal de correspondances (MEM — Maximum Exact Matches) qui n’utilise pas des index pour tout le texte. L’algorithme utilise beaucoup moins d’espace et est hautement accommodant à la parallélisation. Il peut calculer tous les MEM de longueur minimale 100 entre le génome humain entier et celui de la souris sur une machine de 10 cœurs en 10 minutes et avec 2 GB de mémoire. La mémoire nécessaire peut être aussi basse que 600 MB. Il peut utiliser efficacement des génomes de toute taille. Des tests exhaustifs et des comparaisons avec les meilleurs algorithmes actuels sont fournis.

Mummer possède plusieurs scripts différents dont un est le programme clé du calcul de MEM. Dans tous les scripts, le programme de calcul de MEM peut être remplacé par e-mem aisément pour de meilleures performances.

Autres paquets associés à e-mem

dépendances

recommandations

suggestions

enhances

dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

dep: libc6 (>= 2.4) [non amd64, arm64, ppc64el]
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [non armel, armhf, i386, mipsel]

bibliothèque de prise en charge de GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]
dep: libgomp1 (>= 4.9)

bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)
dep: libstdc++6 (>= 5.2)

bibliothèque standard C++ de GNU v3

enh: mummer

Alignement de séquence efficace de génomes complets

Télécharger e-mem

Télécharger pour toutes les architectures proposées
Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	34,1 ko	106,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	30,9 ko	94,0 ko	[liste des fichiers]
armel	33,9 ko	101,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	33,5 ko	81,0 ko	[liste des fichiers]
i386	40,2 ko	117,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	33,6 ko	117,0 ko	[liste des fichiers]
mipsel	40,9 ko	120,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	34,4 ko	162,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	31,5 ko	102,0 ko	[liste des fichiers]