Paquet : trinityrnaseq (2.11.0+dfsg-6)

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Trinity représente une méthode originale pour une reconstruction efficace et robuste de transcriptomes à partir de données de séquences d’ARN. Trinity combine trois modules logiciels indépendants : Inchworm, Chrysalis et Butterfly, appliqués séquentiellement à de grandes quantités de lectures de séquences d’ARN. Trinity sépare les données de séquence en plusieurs graphes de De Bruijn individualisés, chacun représentant la complexité transcriptionnelle pour un gène ou un locus donné, et puis traite chaque graphe séparément pour extraire les isoformes d’épissage en totalité et pour séparer les transcriptions obtenues de gènes paralogues.

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