Paquet : examl (3.0.22-1 et autres)

code Exascale Maximum Likelihood (ExaML) pour l’inférence phylogénétique

Exascale Maximum Likelihood (ExaML) est un code pour les inférences phylogénétiques utilisant MPI. Ce code met en œuvre l’algorithme populaire de recherche RAxML pour l’inférence basée sur le maximum de vraisemblance dans les arbres phylogénétiques.

ExaML est une version légère réduite à l’essentiel de RAxML pour l’inférence phylogénétique d’ensembles de données énormes. Il ne peut exécuter que quelques fonctions basiques et est destiné aux utilisateurs avertis pouvant écrire de petits scripts Perl et ayant une expérience sur les scripts de mise en file d’attente pour des grappes. ExaML ne met en œuvre que les modèles CAT et GAMMA d’hétérogénéité de taux pour des données binaires d’ADN et protéines.

ExaML utilise une approche radicalement nouvelle de parallélisation MPI apportant une meilleure capacité parallèle, en particulier sur des ensembles de données partitionnés multi-gènes ou du génome entier. Il met en œuvre aussi un nouvel algorithme de répartition de charge qui apporte une meilleure capacité parallèle.

Il est quatre fois plus rapide que son prédécesseur RAxML-Light et s’étend à un plus grand nombre de processeurs.

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