Paquet : wise (2.4.1-23)

comparaison de biopolymères, tels les séquences d'ADN et de protéines

Wise2 est un paquet spécialisé dans la comparaison de biopolymères, communément de séquences d'ADN et de protéines. Beaucoup d'autres paquets ont des fonctions similaires, comme le paquet le plus connu BLAST (du NCBI) ou le paquet Fasta (de Bill Pearson). D'autres encore, comme le paquet HMMER (de Sean Eddy) ou le paquet SAM (de l'Université de Californie, Santa Cruz) se concentrent sur la modélisation des biopolymères avec le modèle automate de Markov à états cachés (abrégé HMM en anglais).

Le point fort de Wise2 est la comparaison de séquences d'ADN au niveau de la traduction en protéines. Ce type de comparaison permet la prédiction simultanée de la structure d'un gène avec l'alignement basé sur l’homologie.

Wise2 contient aussi d'autres algorithmes, comme le vénérable Smith-Waterman, de plus récents comme la pénalité de trou généralisée de Stephen Altschul (gap), ou encore des algorithmes expérimentaux en propre tel que dba. Le développement de ces algorithmes est le résultat des facilités de travail apportés par Wise2.

Wise2 a été écrit de manière à être réutilisable et maintenable. Bien qu'il soit écrit en pur langage C, on peut accéder à ses fonctionnalités avec Perl. Des parties de ce paquet, voire le paquet entier, peuvent être utilisées par d'autres programmes en C ou en C++ sans risquer des collisions de noms de variables car chaque variable exportée est préfixée avec le seul identifiant Wise2.

Étiquettes: Domaine: Biologie, Bio-informatique, Mis en œuvre en: implemented-in::c, interface::commandline, Rôle: Programme, Champ d'application: Utilitaire, But: use::comparing, works-with::TODO

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