Paquet : r-cran-qtl (1.47-9-1)

paquet de GNU R d’analyse de liaisons de marqueurs génétiques

R/qtl est un environnement interactif et extensible pour cartographier les QTL (locus de caractères quantitatifs) dans des croisements expérimentaux. Il est implanté comme un module complémentaire pour le langage/logiciel de statistiques libre et largement utilisé « R » (voir http://www.r- project.org).

Le développement de ce logiciel comme extension de R permet de profiter des fonctions mathématiques et statistiques basiques ainsi que des capacités graphiques puissantes fournies avec R. De plus, l’utilisateur bénéficie de l’intégration transparente du logiciel de cartographie QTL dans le programme d’analyse statistique générale. Le but est rendre les méthodes complexes de mappage de QTL très accessibles et de permettre aux utilisateurs de se concentrer plutôt sur la modélisation que sur le calcul.

Un composant clef des méthodes de calcul pour le mappage QTL est la technologie du modèle de Markov caché (MMC/HMM) pour composer avec les données de génotype manquantes. Les algorithmes MMC principaux, avec compensation de la présence d’erreurs de génotypage, pour rétrocroisement, intercroisement, croisement « four-way » à phases connues ont été implémentés.

La version actuelle de R/qtl inclut des structures pour estimer les cartes génétiques, identifier les erreurs du génotype, lancer des recherches de QTL simple et QTL double, des recherches bi-dimensionnelles, par correspondance d’intervalle (avec l’algorithme EM), la régression de Haley-Knott, et l’imputation multiple. Tout cela peut être réalisé en la présence de covariantes (comme le sexe, l’âge ou le traitement). Il est aussi possible de faire correspondre des modèles de QTL d’ordre plus élevé par imputation multiple.

Étiquettes: Développement de logiciel: Programmation GNU R, Bibliothèques, Domaine: Biologie, field::statistics, implemented-in::r, Rôle: Données d'application, Ensemble d'application: GNU

Cette page est uniquement disponible dans les langues suivantes (Comment configurer la langue par défaut du document) :