Paquet : python3-shasta (0.7.0-3)

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Paquets similaires :

nanopore whole genome assembly (dynamic library)

De novo assembly from Oxford Nanopore reads. The goal of the Shasta long read assembler is to rapidly produce accurate assembled sequence using as input DNA reads generated by Oxford Nanopore flow cells.

Computational methods used by the Shasta assembler include:

 * Using a run-length representation of the read sequence. This makes
   the assembly process more resilient to errors in homopolymer
   repeat counts, which are the most common type of errors in Oxford
   Nanopore reads.

 * Using in some phases of the computation a representation of the read
   sequence based on markers, a fixed subset of short k-mers (k ≈ 10).

Shasta assembly quality is comparable or better than assembly quality achieved by other long read assemblers.

This package contains the dynamic library that can be interfaced and imported within Python.

Autres paquets associés à python3-shasta

dépendances

recommandations

suggestions

enhances

dep: libboost-program-options1.74.0 (>= 1.74.0)

bibliothèque d'options de programmes pour C++
dep: libc6 (>= 2.29)

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.4)

bibliothèque de prise en charge de GCC
dep: libpng16-16 (>= 1.6.2-1)

bibliothèque PNG –⋅exécutable (version⋅1.6)
dep: libpython3.9 (>= 3.9.0~b4)

Shared Python runtime library (version 3.9)
dep: libspoa7.0.0 (>= 4.0.5+ds)

SIMD partial order alignment library
dep: libstdc++6 (>= 9)

bibliothèque standard C++ de GNU v3
dep: ncbi-blast+

suite d'outils de recherche de séquences BLAST de dernière génération
dep: python3 (<< 3.10)

langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

dep: python3 (>= 3.9~)

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