[ Paquet source : debian-med ]
Paquet : med-cloud (3.8.1)
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applications bio-informatiques de Debian Med utilisables dans les nuages
Ce méta-paquet installera des paquets Debian liés à biologie moléculaire, à la biologie structurale et à la bio-informatique utilisable dans les sciences de la vie, qui ne dépendent pas de ressources graphiques et qui ne peuvent donc pas s'adapter sur des images système pour l'utilisation dans les grappes de nuages, où l'espace peut être limité.
Autres paquets associés à med-cloud
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- dep: med-config (= 3.8.1)
- paquet de configuration générale de Debian Med
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- dep: med-tasks (= 3.8.1)
- Paquets bio-informatiques pour tasksel
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- rec: abyss
- assembleur de séquences de novo parallèles pour les lectures courtes
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- rec: acedb-other
- Récupération d'ADN ou de séquences de protéines
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- rec: aevol
- modèle numérique de génétique pour lancer des expériences d'évolution in silico
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- rec: alien-hunter
- Distribution des motifs d'ordre variable (IVOM) pour identifier l'ADN acquis par transfert horizontal
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- rec: altree
- programme pour faire de l'association basée sur la phylogénétique et l'analyse de localisation
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- rec: amap-align
- alignement multiple de séquences protéiques par appariement
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- rec: ampliconnoise
- suppression du bruit pour les amplicons PCR séquencés 454
-
- rec: aragorn
- détection ARNt et ARNtm dans les séquences de nucléotides
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- rec: arden
- contrôle de spécificité pour les alignements de lecture utilisant une référence artificielle
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- rec: autodock
- Analyse de liaison de ligand à la structure d'une protéine
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- rec: autodock-vina
- chargement de petites molécules jusqu'aux protéines
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- rec: autogrid
- Pré-calculer les liaisons de ligands à leur récepteur
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- rec: bamtools
- boîte à outils de manipulation de fichiers BAM (alignement de génomes)
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- rec: bedtools
- suite d'utilitaires pour la comparaison des caractéristiques de génomes
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- rec: bioperl
- outils en Perl pour la bio-informatique
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- rec: bioperl-run
- scripts d'enveloppe BioPerl
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- rec: biosquid
- utilitaire d'analyse de séquences biologiques
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- rec: bowtie
- aligneur ultra-rapide de lectures courtes avec une faible empreinte mémoire
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- rec: bowtie2
- aligneur ultra-rapide de lectures courtes avec une faible empreinte mémoire
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- rec: boxshade
- Rendu élégant d'alignements multiples de séquences
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- rec: bwa
- dispositif d'alignement Burrows-Wheeler
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- rec: cassiopee
- outil d'indexation et de recherche dans les séquences génomiques
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- rec: cd-hit
- suite de programmes conçus pour grouper rapidement des séquences
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- rec: cdbfasta
- indexation avec Constant DataBase et outils de recherche pour les fichiers multi-FASTA
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- rec: circos
- outil de dessin pour visualiser des données
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- rec: clearcut
- reconstruction d'arbre phylogénétique extrêmement efficace
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- rec: clonalframe
- inférence de microévolution bactérienne en utilisant des données de séquence multilocus
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- rec: clustalo
- programme à usage général d'alignement de plusieurs séquences pour les protéines
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- rec: clustalw
- alignement de séquences de nucléotides ou de peptides
-
- rec: concavity
- prédicteur de sites de liaisons de ligands de la protéine à partir de la structure et de la conservation
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- rec: conservation-code
- outil de notation de la conservation des séquences de protéines
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- rec: datamash
- outil de statistiques pour interface en ligne de commande
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- rec: dialign
- alignement de plusieurs séquences par segments
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- rec: dialign-tx
- alignement séquentiel multiple basé sur les segments
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- rec: discosnp
- détection du polymorphisme d'un seul nucléotide pour des ensembles bruts de lectures
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- rec: disulfinder
- prédiction de pont disulfure et de leur connectivité
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- rec: dnaclust
- outil de regroupement de millions de séquences courtes d’ADN
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- rec: dssp
- assignation de la structure secondaire de la protéine basée sur la structure en 3D
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- rec: embassy-domainatrix
- commandes supplémentaires EMBOSS pour manipuler un fichier de classification de domaines
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- rec: embassy-domalign
- commandes EMBOSS additionnelles pour l'alignement dans le domaine des protéines
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- rec: embassy-domsearch
- commandes supplémentaires EMBOSS pour la recherche dans les domaines de la protéine
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- rec: emboss
- ensemble de logiciels libres pour la biologie moléculaire européenne
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- rec: exonerate
- outil générique pour la comparaison de deux séquences
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- rec: fastdnaml
- outil pour la construction d'arbres phylogénétiques de séquences d'ADN
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- rec: fastlink
- version plus rapide des programmes de généalogie génétique Linkage
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- rec: fastqc
- contrôle qualité pour les données de séquences à haut débit
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- rec: fasttree
- arbres phylogénétiques à partir d'alignements de nucléotides ou des séquences de protéines
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- rec: fitgcp
- fitting genome coverage distributions with mixture models
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- rec: flexbar
- code-barres flexible et suppression de l'adaptation pour les plateformes de séquençage
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- prédicteur rapide de contact de protéine
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- genome abundance similarity correction
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- rec: genometools
- boîte à outils polyvalente d'analyse du génome
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- rec: gff2aplot
- tracés d'alignements par paires pour les séquences génomiques avec PostScript
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- rec: gff2ps
- Produit des graphiques PostScript à partir de fichiers GFF
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- rec: glam2
- motifs de protéines lacunaires de séquences non alignées
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- rec: gmap
- alignement d’épissage et tolérante sur les SNP pour les lectures courtes et mNRA
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- rec: grinder
- simulateur polyvalent de lecture de séquençage global et d'amplicon omiques
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- rec: gromacs
- Simulateur de dynamique moléculaire avec outils d'analyse et de préparation
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- rec: hhsuite
- recherche de séquence de protéines basée sur l’alignement HMM-HMM
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- rec: hisat2
- graph-based alignment of short nucleotide reads to many genomes
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- rec: hmmer
- profilage de modèles de Markov cachés pour la recherche de séquences
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- rec: idba
- iterative De Bruijn Graph short read assemblers
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- rec: infernal
- inférence d’alignements structurels secondaires d’ARN
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- rec: jellyfish
- count k-mers in DNA sequences
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- rec: kalign
- Alignement séquentiel multiple global et progressif
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- rec: kissplice
- détection de diverses sortes de polymorphismes dans les données du séquençage de l'ARN
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- rec: last-align
- comparaison de séquences biologiques à l'échelle du génome
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- rec: loki
- analyse de déséquilibre de liaison avec des chaînes de Markov
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- rec: macs
- analyse basée sur modèles de ChIP-Seq venant de séquenceurs de lectures courtes
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- rec: mafft
- programme d'alignement multiple pour des séquences de nucléotides ou d'acides aminés
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- rec: mapsembler2
- bioinformatics targeted assembly software
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- rec: maq
- correspondance de lectures de séquences d'ADN polymorphique de longueur courte à des séquences de référence
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- rec: melting
- calcule la température de fusion de duplex d'acide nucléique
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- rec: minia
- assembleur de lectures courtes de séquences biologiques
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- rec: mipe
- Outil de sauvegarde de données dérivées de PCR
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- rec: mira-assembler
- assembleur de séquences génomiques exprimées utilisant la méthode globale
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- rec: mlv-smile
- Find statistically significant patterns in sequences
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- rec: mothur
- ensemble pour analyse de séquences pour la recherche sur le microbiome
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- rec: mrbayes
- Bayesian Inference of Phylogeny
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- rec: mummer
- Alignement de séquence efficace de génomes complets
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- rec: muscle
- programme d'alignements multiples de séquences de protéine
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- multiple alignment program of protein sequences
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- rec: mustang
- alignement structurel multiple de protéines
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- rec: ncbi-epcr
- outil pour vérifier la présence d'un marqueur dans une séquence d'ADN
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- bibliothèques du NCBI pour applications de biologie –⋅utilitaires en mode texte
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- rec: ncoils
- prédiction de structure secondaire de superhélice
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- calcul d'alignements de séquences d'acides aminés et de nucléotides
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- rec: paraclu
- Parametric clustering of genomic and transcriptomic features
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- insertion parcimonieuse de séquences non classifiées dans des arbres phylogénétiques
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- rec: pdb2pqr
- Preparation of protein structures for electrostatics calculations
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- efficient mapping of short reads with periodic spaced seeds
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- rec: phyml
- estimation phylogénétique utilisant la probabilité maximale
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- rec: phyutility
- simple analyses or modifications on both phylogenetic trees and data matrices
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- outils en ligne de commande pour manipuler les fichiers SAM et BAM
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- rec: plink
- outils d'analyse d'associations sur le génome entier
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- rec: plink1.9
- outils d'analyse d'associations sur le génome entier
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- whole-genome association analysis toolset
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- rec: poa
- alignement d'ordre partiel pour les alignements multiples de séquences
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- rec: prank
- Probabilistic Alignment Kit for DNA, codon and amino-acid sequences
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- rec: prime-phylo
- bayesian estimation of gene trees taking the species tree into account
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- outil de choix d'amorces l'amplification d'ADN
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- rec: probabel
- Toolset for Genome-Wide Association Analysis
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- rec: probcons
- alignement de séquences multiples basé sur la cohérence probabiliste
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- rec: proda
- Alignement multiple de séquences protéiques
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- rec: prodigal
- Microbial (bacterial and archaeal) gene finding program
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- rec: python3-biomaj3-cli
- BioMAJ client
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- rec: python3-biopython
- bibliothèque de Python 3 pour la bio-informatique
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- rec: python3-cogent3
- framework pour la biologie du génome
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- rec: qiime
- QIIME, Quantitative Insights Into Microbial Ecology
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- rec: r-bioc-edger
- analyse empirique de données numériques d’expressions de gène avec R
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- rec: r-bioc-hilbertvis
- paquet de GNU R pour visualiser de grands vecteurs de données
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- rec: r-cran-pvclust
- regroupement hiérarchique avec valeurs-p par la méthode du bootstrap multi-échelle
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- rec: r-cran-qtl
- paquet de GNU R d’analyse de liaisons de marqueurs génétiques
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- rec: r-cran-vegan
- Community Ecology Package for R
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- rec: r-other-mott-happy.hbrem
- GNU R package for fine-mapping complex diseases
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- rec: raster3d
- outils pour la génération d'images de protéines ou d'autres molécules
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- rec: readseq
- conversion entre formats de séquences
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- rec: rnahybrid
- prédiction rapide et efficace des complexes microARN/cible
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- rec: rtax
- classification de lectures de séquence d’ARN ribosomique 16S
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- rec: samtools
- traitement d'alignements de séquence pour les formats SAM et BAM et CRAM
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- rec: seqan-apps
- C++ library for the analysis of biological sequences
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- rec: sibsim4
- Alignement de séquences d'ARN sur une séquence d'ADN
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- rec: sigma-align
- alignement de multiples séquences d'ADN non codant
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- rec: sim4
- Outil d'alignement d'ADNc et d'ADN génomique
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- rec: smalt
- Sequence Mapping and Alignment Tool
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- rec: snap
- location of genes from DNA sequence with hidden markov model
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- rec: soapdenovo
- méthode d'assemblage de lectures courtes pour construire une ébauche d’assemblage de novo
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- rec: soapdenovo2
- méthode d'assemblage de lectures courtes pour construire un assemblage brouillon de novo
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- rec: squizz
- convertisseur pour les séquences génétiques et les alignements
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- rec: sra-toolkit
- utilities for the NCBI Sequence Read Archive
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- rec: ssake
- application de génomique pour assembler des millions de séquences très courtes d’ADN
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- rec: staden-io-lib-utils
- programs for manipulating DNA sequencing files
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- rec: t-coffee
- alignement multiple de séquences
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- rec: tabix
- indexeur générique pour fichiers de positions de génome, délimités par des tabulations
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- rec: theseus
- superposition de macromolécules par maximum de vraisemblance
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- rec: tigr-glimmer
- Détection de gènes dans des archées et des bactéries
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- rec: tree-puzzle
- reconstruction d’arbres phylogénétiques par la vraisemblance maximale
- ou tree-ppuzzle
- Reconstruction d'arbres phylogéniques par ressemblance maximum
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- rec: vcftools
- ensemble d'outils pour travailler avec les fichiers VCF
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- rec: velvet
- assembleur de séquences d'acides nucléiques pour de très courtes lectures
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- rec: wise
- comparaison de biopolymères, tels les séquences d'ADN et de protéines
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- sug: anfo
- Paquet indisponible
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- sug: bagpipe
- Paquet indisponible
-
- sug: blast2
- Paquet indisponible
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- sug: cufflinks
- Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq
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- sug: embassy-phylip
- Paquet indisponible
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- sug: giira
- Paquet indisponible
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