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Paquet : r-bioc-multtest (2.54.0-1)

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test d’hypothèses multiples basé sur le ré-échantillonnage de Bioconductor

Ce paquet concerne les procédures de bootstrap non paramétrique et de tests de permutation multiple basé sur le ré-échantillonnage (incluant les méthodes empiriques de Bayes) pour contrôler le taux d’erreur FEWR (family-wise error rate), celui gFWER (generalized family-wise error rate), la probabilité TPPFP (probabilité de queue de proportion de faux positifs), le FDR (taux de fausses découvertes). Plusieurs choix de distributions à hypothèse nulle basées sur bootstrap sont implémentés (centré, centré et échelonné, transformé en quantile). Les méthodes par simple pas ou pas à pas sont disponibles. Des tests basés sur une variété de t- et F-statistics (incluant t-statistics basé sur des paramètres de corrélation) sont fournis. Lors de l’examen d’hypothèses avec t-statistics, l’utilisateur peut aussi choisir une distribution « nulle » potentiellement plus rapide qui est normale multivariée avec moyenne zéro et une matrice variance covariance dérivée de la fonction d’influence de vecteur. Les résultats sont rapportés sous forme de valeurs-p ajustées, de régions de confiance et de seuils de statistiques de test. Les procédures sont directement applicables pour identifier de manière différentielle les gènes exprimés dans des expériences de puce à ADN.

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