programme d'alignement multiple pour des séquences de nucléotides ou d'acides aminés

MAFFT est un programme d'alignement multiple de séquences qui offre trois méthodes orientées précision : - L-INS-i : probablement la plus précise ; recommandée pour moins de

   200 séquences ; méthode de raffinement itératif qui incorpore les
   informations d'alignement des paires locales ;

- G-INS-i : convient pour des séquences de longueurs similaires ;

   recommandée pour moins de 200 séquences ; méthode de raffinement
   itératif qui incorpore les informations d'alignement des paires
   globales ;

- E-INS-i : convient pour des séquences qui contiennent de grandes régions

   non-alignables ; recommandée pour moins de 200 séquences.
   MAFFT fournit également cinq méthodes orientées vitesse :
 - FFT-NS-i : méthode de raffinement itératif de deux cycles seulement ;
 - FFT-NS-i : méthode de raffinement itératif d'un maximum de 1 000

itérations ;

 - FFT-NS-2 : rapide, méthode progressive ;
 - FFT-NS-1 : très rapide, recommandé pour plus de 2 000 séquences ;
    méthode progressive avec un arbre de recherche grossier ;
 - NW-NS-PartTree-1 : recommandé pour environ 50 000 séquences ; méthode
    progressive avec l'algorithme PartTree.

Étiquettes: Biologie: Clustal et ALN, Protéines, Domaine: field::biology, field::biology:bioinformatics, Mis en œuvre en: implemented-in::c, interface::commandline, Rôle: Programme, Champ d'application: Utilitaire, But: use::comparing, works-with-format::plaintext, Fonctionne avec: Séquence biologique

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