[ Paquet source : lumpy-sv ]
Paquet : lumpy-sv (0.3.1+dfsg-7)
Liens pour lumpy-sv
Ressources Debian :
- Rapports de bogues
- Developer Information
- Journal des modifications Debian
- Fichier de licence
- Suivis des correctifs pour Debian
Télécharger le paquet source lumpy-sv :
Responsables :
- Debian Med Packaging Team (Page QA, Archive du courrier électronique)
- Andreas Tille (Page QA)
- Nilesh Patra (Page QA)
Ressources externes :
- Page d'accueil [github.com]
Paquets similaires :
general probabilistic framework for structural variant discovery
LUMPY, a novel SV discovery framework that naturally integrates multiple SV signals jointly across multiple samples. LUMPY yields improved sensitivity, especially when SV signal is reduced owing to either low coverage data or low intra-sample variant allele frequency.
Autres paquets associés à lumpy-sv
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- dep: bamkit
- tools for common BAM file manipulations
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- dep: libbamtools2.5.2 (>= 2.5.2+dfsg)
- bibliothèque dynamique de manipulation de fichiers BAM (alignement de génomes)
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- dep: libc6 (>= 2.34)
- bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb
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- dep: libgcc-s1 (>= 4.2)
- bibliothèque de prise en charge de GCC
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- dep: libgzstream0 (>= 1.5+dfsg)
- provide functionality of zlib C-library in a C++ iostream
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- dep: libhts3 (>= 1.10)
- C library for high-throughput sequencing data formats
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- dep: libstdc++6 (>= 11)
- bibliothèque standard C++ de GNU v3
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- dep: python3
- interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
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- dep: python3-numpy
- gestion rapide des tableaux avec le langage Python 3
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- dep: python3-pysam
- interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)
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- dep: samblaster
- marks duplicates, extracts discordant/split reads
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- dep: samtools
- traitement d'alignements de séquence pour les formats SAM et BAM et CRAM
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- rec: sambamba
- outils pour travailler avec des données SAM/BAM
Télécharger lumpy-sv
Architecture | Taille du paquet | Espace occupé une fois installé | Fichiers |
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i386 | 209,3 ko | 706,0 ko | [liste des fichiers] |