Paquet : conservation-code (20110309.0-8)

outil de notation de la conservation des séquences de protéines

Ce paquet fournit score_conservation(1), un outil pour noter la conservation des séquences de protéines.

Les méthodes de notation de conservation suivantes sont mises en œuvre :

 - somme de paires ;
 - somme pondérées de paires ;
 - entropie de Shannon ;
 - entropie de Shannon avec des groupements de propriété (Mirny et
    Shakhnovich 1995, Valdar et Thornton 2001) ;
 - entropie relative avec des groupements de propriété (Williamson 1995) ;
 - entropie de von Neumann (Caffrey et al 2004) ;
 - entropie relative (Samudrala et Wang 2006) ;
 - divergence de Jensen-Shannon (Capra et Singh 2007).

Une extension à base de fenêtres intégrant la conservation estimée de résidus séquentiellement adjacents dans le score pour chaque colonne est également fournie. Cette approche de fenêtres peut être appliquée à n'importe quelle méthode de notation de conservation.

Le programme accepte les alignements dans les formats CLUSTAL et FASTA.

La sortie spécifique d'une séquence peut être utilisée comme l'entrée de conservation pour ConCavity.

La conservation est hautement prédictive dans l'identification des sites catalytiques et des résidus proches des ligands liés.

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