Paquet : prime-phylo (1.0.11-10)

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Paquets similaires :

bayesian estimation of gene trees taking the species tree into account

PrIME (Probabilistic Integrated Models of Evolution) is a package supporting inference of evolutionary parameters in a Bayesian framework using Markov chain Monte Carlo simulation. A distinguishing feature of PrIME is that the species tree is taken into account when analyzing gene trees.

The input data to PrIME is a multiple sequence alignment in FASTA format and the output data contains trees in Newick format.

Autres paquets associés à prime-phylo

dépendances

recommandations

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enhances

dep: libblas3

implémentation de référence en algèbre linéaire de base - bibliothèque partagée

ou libblas.so.3

paquet virtuel fourni par libatlas3-base, libblas3, libblis4-openmp, libblis4-pthread, libblis4-serial, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial
dep: libboost-mpi1.74.0 (>= 1.74.0)

interface C++ à l’interface de passage de message (Message Passing Interface –⋅MPI)
dep: libboost-serialization1.74.0 (>= 1.74.0)

bibliothèque de sérialisation pour C++
dep: libc6 (>= 2.29)

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.5)

bibliothèque de prise en charge de GCC
dep: liblapack3

bibliothèque de routines algébriques version⋅3 –⋅version partagée

ou liblapack.so.3

paquet virtuel fourni par libatlas3-base, liblapack3, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial
dep: libopenmpi3 (>= 4.1.0)

high performance message passing library -- shared library
dep: libstdc++6 (>= 9)

bibliothèque standard C++ de GNU v3
dep: libxml2 (>= 2.7.4)

Bibliothèque XML GNOME
dep: perl

langage de rapports et d'extractions pratiques de Larry Wall

sug: mafft

programme d'alignement multiple pour des séquences de nucléotides ou d'acides aminés
sug: mrbayes

Bayesian Inference of Phylogeny
sug: muscle

programme d'alignements multiples de séquences de protéine
sug: njplot

programme de dessin d’arbre phylogénétique
sug: phyml

estimation phylogénétique utilisant la probabilité maximale
sug: probalign

alignement de séquences multiples en utilisant les probabilités à postériori de la fonction de partition
sug: python3-biopython

bibliothèque de Python 3 pour la bio-informatique
sug: raxml

ressemblance maximale accélérée aléatoire d'arbres phylogénétiques
sug: treeviewx

affiche et imprime les arbres phylogénétiques

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