Paketti: stringtie (2.2.1+ds-3 ja muut)

Links for stringtie

Debian-palvelut:

Imuroi lähdekoodipaketti stringtie:

Ylläpitäjät:

External Resources:

Kotisivu [ccb.jhu.edu]

Samankaltaisia paketteja:

assemble short RNAseq reads to transcripts

The abundance of transcripts in a human tissue sample can be determined by RNA sequencing. The exact sequence sampled may be random, depending on the technology used. And it may be short, i.e. shorter than the transcript. At some point, many shorter reads need to be assembled to the model the complete transcripts.

StringTie knows how to assemble of RNA-Seq into potential transcripts without the need of a reference genome and provides a quantification also of the splice variants.

Muut pakettiin stringtie liittyvät paketit

depends

recommends

suggests

enhances

dep: libc6 (>= 2.34) [ei arm64]

GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]
dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [amd64, i386, mips64el, riscv64]

GCC:n apukirjasto

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
dep: libhts3t64 (>= 1.17)

C library for high-throughput sequencing data formats
dep: libstdc++6 (>= 4.1.1)

GNU standardi C++ -kirjasto, versio 3
dep: python3

interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

rec: stringtie-examples

Paketti ei saatavilla

sug: cufflinks

Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq

Imuroi stringtie

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille
Arkkitehtuuri	Versio	Paketin koko	Koko asennettuna	Tiedostot
amd64	2.2.1+ds-3+b1	404.4 kt	1,025.0 kt	[tiedostoluettelo]
arm64	2.2.1+ds-3+b2	363.9 kt	1,005.0 kt	[tiedostoluettelo]
armel	2.2.1+ds-3+b1	342.6 kt	972.0 kt	[tiedostoluettelo]
armhf	2.2.1+ds-3+b1	349.7 kt	684.0 kt	[tiedostoluettelo]
i386	2.2.1+ds-3+b1	433.3 kt	1,284.0 kt	[tiedostoluettelo]
mips64el	2.2.1+ds-3+b1	357.5 kt	1,239.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64el	2.2.1+ds-3+b1	414.9 kt	1,261.0 kt	[tiedostoluettelo]
riscv64	2.2.1+ds-3+b1	390.0 kt	773.0 kt	[tiedostoluettelo]
s390x	2.2.1+ds-3+b1	418.4 kt	1,121.0 kt	[tiedostoluettelo]