Paketti: bowtie2 (2.5.4-1)

Links for bowtie2

Debian-palvelut:

Imuroi lähdekoodipaketti bowtie2:

Ylläpitäjät:

External Resources:

Kotisivu [bowtie-bio.sourceforge.net]

Samankaltaisia paketteja:

ultrafast memory-efficient short read aligner

is an ultrafast and memory-efficient tool for aligning sequencing reads to long reference sequences. It is particularly good at aligning reads of about 50 up to 100s or 1,000s of characters, and particularly good at aligning to relatively long (e.g. mammalian) genomes.

Bowtie 2 indexes the genome with an FM Index to keep its memory footprint small: for the human genome, its memory footprint is typically around 3.2 GB. Bowtie 2 supports gapped, local, and paired-end alignment modes

Tagit: Biology: Nucleic Acids, Field: Biology, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, User Interface: Command Line, Role: role::program, use::comparing, Works with: Biological Sequence

Muut pakettiin bowtie2 liittyvät paketit

depends

recommends

suggests

enhances

dep: libc6 (>= 2.38)

GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

GCC:n apukirjasto
dep: libstdc++6 (>= 14)

GNU standardi C++ -kirjasto, versio 3
dep: perl

Larry Wallin kieli tekstitiedostojen analysointia ja raportointia varten
dep: python3

interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

pakkauskirjaston ajonaikaistiedostot

sug: bowtie2-examples

Examples for bowtie2

Imuroi bowtie2

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille
Arkkitehtuuri	Paketin koko	Koko asennettuna	Tiedostot
arm64	1,372.1 kt	5,320.0 kt	[tiedostoluettelo]