Paket: sim4 (0.0.20121010-8 und andere)

Werkzeug für Alignments von cDNA mit genomischer DNA

sim4 ist ein ähnlichkeits-basiertes Werkzeug und erstellt Alignments von exprimierten DNA-Sequenzen (EST, cDNA, mRNA) mit den genomischen Sequenzen des jeweiligen Gens. Das Programm entdeckt und paart Sequenzen, wenn die zwei Eingabesequenzen an einem Ende überlappen (z.B. wenn der Anfang der einen Sequenz mit dem Ende der Anderen überlappt).

sim4 setzt eine auf »Blast« basierende Technik ein, um die passenden Blöcke, die die »exon cores« darstellen, zu ermitteln. In der ersten Phase werden alle möglichen exakten Paare von W-meren (z.B. DNA-Wörter der Länge W) zwischen den zwei Sequenzen ermittelt und diese zu maximalen Gap-freien Segmenten erweitert. In der zweiten Phase werden die »exon cores« zu benachbarten, noch ungepaarten Fragmenten erweitert. Dabei werden auf der Suche nach der besten Übereinstimmung verschiedene »greedy«-Näherungsalgorithmen und Heuristiken genutzt, um Strukturen an die splice-site-Erkennungssignale (GT-AG, CT-AC) anzupassen. Falls notwendig, wird der Prozess mit weniger strengen Parametern für die ungepaarten Fragmente wiederholt.

Markierungen: Feld: Biologie, Bioinformatik, Implementiert in: implemented-in::c, interface::commandline, Rolle: Programm, Zweck: Hilfswerkzeug, Zweck: use::comparing, use::searching, Unterstützt Formate: Benötige eine zusätzliche Markierung, works-with-format::plaintext, works-with::TODO

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