Paket: samtools (1.20-3)

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Betreuer:

Debian Med Packaging Team (QS-Seite, E-Mail-Archiv)
Charles Plessy (QS-Seite)
Andreas Tille (QS-Seite)
Étienne Mollier (QS-Seite)

Externe Ressourcen:

Homepage [www.htslib.org]

processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

Samtools is a set of utilities that manipulate nucleotide sequence alignments in the binary BAM format. It imports from and exports to the ascii SAM (Sequence Alignment/Map) and CRAM formats, does sorting, merging and indexing, and allows one to retrieve reads in any regions swiftly. It is designed to work on a stream, and is able to open a BAM or CRAM (not SAM) file on a remote FTP or HTTP server.

Markierungen: Feld: Biologie, Bioinformatik, Implementiert in: implemented-in::c, interface::commandline, Vernetzung: Client, Netzwerk-Protokoll: FTP, protocol::http, role::program, Zweck: Hilfswerkzeug, GUI-Baukasten: Ncurses TUI, Zweck: use::analysing, use::calculating, Filtern, Arbeitet mit: Biologische Sequenz

Andere Pakete mit Bezug zu samtools

hängt ab von

empfiehlt

schlägt vor

erweitert

dep: libc6 (>= 2.34)

GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb
dep: libhts3t64 (>= 1.20~)

C-Bibliothek für Hochdurchsatz-Sequenzierungsdatenformate
dep: libncurses6 (>= 6)

Laufzeitbibliotheken zur Terminalsteuerung
dep: libtinfo6 (>= 6)

Systemnahe terminfo-Laufzeitbibliothek für die Terminalsteuerung
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

sug: cwltool

Referenzimplemantation der Common Workflow Language

samtools herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen
Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
riscv64	647,5 kB	1.281,0 kB	[Liste der Dateien]