Paket: gmap (2024-10-20+ds-1)

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spliced and SNP-tolerant alignment for mRNA and short reads

This package contains the programs GMAP and GSNAP as well as utilities to manage genome databases in GMAP/GSNAP format. GMAP (Genomic Mapping and Alignment Program) is a tool for aligning EST, mRNA and cDNA sequences. GSNAP (Genomic Short-read Nucleotide Alignment Program) is a tool for aligning single-end and paired-end transcriptome reads. Both tools can use a database of

 * known splice sites and identify novel splice sites.
 * known single-nucleotide polymorphisms (SNPs).

GSNAP can align bisulfite-treated DNA.

Markierungen: Feld: Biologie, field::biology:bioinformatics, field::biology:structural, Rolle: Programm, Zweck: Analyse

Andere Pakete mit Bezug zu gmap

hängt ab von

empfiehlt

schlägt vor

erweitert

dep: libbz2-1.0

Hochwertiger, Blöcke sortierender Dateikomprimierer - Laufzeitbibliothek
dep: libc6 (>= 2.34)

GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb
dep: perl

Larry Wall's Practical Extraction und Report Language
dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

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Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
riscv64	6.338,4 kB	59.306,0 kB	[Liste der Dateien]