Paket: r-bioc-singler (2.6.0+ds-1 und andere)

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Externe Ressourcen:

Homepage [bioconductor.org]

BioConductor reference-based single-cell RNA-Seq annotation

Performs unbiased cell type recognition from single-cell RNA sequencing data, by leveraging reference transcriptomic datasets of pure cell types to infer the cell of origin of each single cell independently.

Andere Pakete mit Bezug zu r-bioc-singler

hängt ab von

empfiehlt

schlägt vor

erweitert

dep: libc6 (>= 2.32) [nicht alpha, ia64, sh4]

GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]
dep: libc6.1 (>= 2.32) [alpha]

GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nicht alpha, hppa, ia64, riscv64, sh4, sparc64]

GCC Support-Bibliothek

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64, sh4]
dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

GCC Support-Bibliothek
dep: libstdc++6 (>= 12) [x32]

GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

dep: libstdc++6 (>= 13.1) [hppa, ia64, sh4]

dep: libstdc++6 (>= 14) [nicht hppa, ia64, sh4, x32]
dep: libunwind8 [ia64]

Bibliothek zur Ermittlung der Aufrufkette eines Programms - Laufzeit
dep: r-api-4.0

virtuelles Paket, bereitgestellt durch r-base-core
dep: r-api-bioc-3.16 [x32]

Paket nicht verfügbar
dep: r-api-bioc-3.18 [hppa, ia64, sh4]

Paket nicht verfügbar
dep: r-api-bioc-3.19 [nicht hppa, ia64, sh4, x32]

virtuelles Paket, bereitgestellt durch r-bioc-biocgenerics
dep: r-base-core (>= 4.2.2.20221110-1) [x32]

GNU R - System für statistische Berechnungen und Grafik - Kern
dep: r-bioc-beachmat [hppa, ia64, sh4, x32]

I/O for several formats storing matrix data

dep: r-bioc-beachmat (>= 2.20.0) [nicht hppa, ia64, sh4, x32]
dep: r-bioc-biocneighbors [hppa, ia64, sh4, x32]

Nearest Neighbor Detection for Bioconductor Packages

dep: r-bioc-biocneighbors (>= 1.22.0) [nicht hppa, ia64, sh4, x32]
dep: r-bioc-biocparallel [hppa, ia64, sh4, x32]

BioConductor facilities for parallel evaluation

dep: r-bioc-biocparallel (>= 1.38.0) [nicht hppa, ia64, sh4, x32]
dep: r-bioc-biocsingular [hppa, ia64, sh4, x32]

Singular Value Decomposition for Bioconductor Packages

dep: r-bioc-biocsingular (>= 1.20.0) [nicht hppa, ia64, sh4, x32]
dep: r-bioc-delayedarray [hppa, ia64, sh4, x32]

BioConductor delayed operations on array-like objects

dep: r-bioc-delayedarray (>= 0.30.1) [nicht hppa, ia64, sh4, x32]
dep: r-bioc-delayedmatrixstats [hppa, ia64, sh4, x32]

Functions on Rows and Columns of 'DelayedMatrix' Objects

dep: r-bioc-delayedmatrixstats (>= 1.26.0) [nicht hppa, ia64, sh4, x32]
dep: r-bioc-s4vectors [hppa, ia64, sh4, x32]

BioConductor S4 implementation of vectors and lists

dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.42.1) [nicht hppa, ia64, sh4, x32]
dep: r-bioc-summarizedexperiment [hppa, ia64, sh4, x32]

BioConductor assay container

dep: r-bioc-summarizedexperiment (>= 1.34.0) [nicht hppa, ia64, sh4, x32]
dep: r-cran-matrix

GNU R - Paket von Klassen für dicht und dünn besetzte Matrizen
dep: r-cran-rcpp

GNU-R-Paket für die nahtlose Verflechtung von R und C++

rec: r-bioc-ensembldb

GNU R utilities to create and use an Ensembl based annotation database
rec: r-bioc-scater

Single-Cell Analysis Toolkit for Gene Expression Data in R
rec: r-bioc-scran

BioConductor methods for single-cell RNA-Seq data analysis
rec: r-bioc-singlecellexperiment

S4 Classes for Single Cell Data
rec: r-cran-pheatmap

GNU R package to create pretty heatmaps
rec: r-cran-testthat

GNU R testsuite

sug: r-bioc-biocgenerics [hppa, ia64, sh4, x32]

generic functions for Bioconductor

sug: r-bioc-biocgenerics (>= 0.50.0) [nicht hppa, ia64, sh4, x32]
sug: r-bioc-biocstyle [hppa, ia64, sh4, x32]

standard styles for vignettes and other Bioconductor documents

sug: r-bioc-biocstyle (>= 2.32.1) [nicht hppa, ia64, sh4, x32]
sug: r-bioc-scater [hppa, ia64, sh4]

Single-Cell Analysis Toolkit for Gene Expression Data in R

sug: r-bioc-scater (>= 1.32.0) [nicht hppa, ia64, sh4, x32]
sug: r-bioc-scran [hppa, ia64, sh4]

BioConductor methods for single-cell RNA-Seq data analysis

sug: r-bioc-scran (>= 1.32.0) [nicht hppa, ia64, sh4, x32]
sug: r-bioc-scrnaseq [hppa, ia64, sh4, x32]

Collection of Public Single-Cell RNA-Seq Datasets

sug: r-bioc-scrnaseq (>= 2.18.0) [nicht hppa, ia64, sh4, x32]
sug: r-bioc-scuttle [hppa, ia64, sh4, x32]

BioConductor single-cell RNA-Seq analysis utilities

sug: r-bioc-scuttle (>= 1.14.0) [nicht hppa, ia64, sh4, x32]
sug: r-bioc-singlecellexperiment [hppa, ia64, sh4]

S4 Classes for Single Cell Data

sug: r-bioc-singlecellexperiment (>= 1.26.0) [nicht hppa, ia64, sh4, x32]
sug: r-cran-ggplot2

Implementierung der »Grammar of Graphics«
sug: r-cran-gridextra

GNU R: Erweiterungen für das grid-Paket
sug: r-cran-knitr

GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming
sug: r-cran-pheatmap [nicht x32]

GNU R package to create pretty heatmaps
sug: r-cran-rmarkdown

Konvertierung von R-Markdown-Dokumenten in verschiedene Formate
sug: r-cran-testthat [nicht x32]

GNU R testsuite
sug: r-cran-viridis

GNU R package for color maps from matplotlib

r-bioc-singler herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen
Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
alpha (inoffizielle Portierung)	2.6.0+ds-1	327,0 kB	840,0 kB	[Liste der Dateien]
amd64	2.6.0+ds-1	335,3 kB	799,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	2.6.0+ds-1	318,9 kB	775,0 kB	[Liste der Dateien]
hppa (inoffizielle Portierung)	2.4.1+ds-1	327,6 kB	824,0 kB	[Liste der Dateien]
ia64 (inoffizielle Portierung)	2.4.1+ds-1	353,7 kB	1.147,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	2.6.0+ds-1	320,5 kB	864,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64 (inoffizielle Portierung)	2.6.0+ds-1	339,8 kB	908,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	2.6.0+ds-1	338,0 kB	903,0 kB	[Liste der Dateien]
riscv64	2.6.0+ds-1	331,7 kB	702,0 kB	[Liste der Dateien]
s390x	2.6.0+ds-1	342,0 kB	843,0 kB	[Liste der Dateien]
sh4 (inoffizielle Portierung)	2.4.1+ds-1	343,3 kB	769,0 kB	[Liste der Dateien]
sparc64 (inoffizielle Portierung)	2.6.0+ds-1	311,0 kB	1.423,0 kB	[Liste der Dateien]
x32 (inoffizielle Portierung)	2.0.0+ds-1	389,0 kB	1.016,0 kB	[Liste der Dateien]