Paket: r-bioc-deseq2 (1.42.1+dfsg-1 und andere)

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Betreuer:

Externe Ressourcen:

Homepage [bioconductor.org]

R package for RNA-Seq Differential Expression Analysis

Differential gene expression analysis based on the negative binomial distribution. Estimate variance-mean dependence in count data from high-throughput sequencing assays and test for differential expression based on a model using the negative binomial distribution.

Andere Pakete mit Bezug zu r-bioc-deseq2

hängt ab von

empfiehlt

schlägt vor

erweitert

dep: libblas3

Grundlegende Unterprogramme für Lineare Algebra, gemeinsame Bibliothek

oder libblas.so.3

virtuelles Paket, bereitgestellt durch libatlas3-base, libblas3, libblis4-openmp, libblis4-pthread, libblis4-serial, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial
dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.29) [nicht alpha, ia64, riscv64, sh4]

dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]
dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]

GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nicht armel, armhf, hppa, ia64, sh4]

GCC Support-Bibliothek

dep: libgcc-s1 (>= 3.3.4) [sh4]

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

GCC Support-Bibliothek
dep: libgfortran5 (>= 8) [sparc64]

Laufzeitbibliothek für GNU-Fortran-Anwendungen
dep: liblapack3

Bibliothek von Routinen für Lineare Algebra (3) - gemeinsame Version

oder liblapack.so.3

virtuelles Paket, bereitgestellt durch libatlas3-base, liblapack3, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial
dep: libstdc++6 (>= 13.1) [nicht x32]

GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

dep: libstdc++6 (>= 9) [x32]
dep: libunwind8 [ia64]

Bibliothek zur Ermittlung der Aufrufkette eines Programms - Laufzeit
dep: r-api-4.0

virtuelles Paket, bereitgestellt durch r-base-core
dep: r-api-bioc-3.16 [x32]

Paket nicht verfügbar
dep: r-api-bioc-3.18 [nicht x32]

virtuelles Paket, bereitgestellt durch r-bioc-biocgenerics
dep: r-base-core (>= 4.2.2.20221110-2) [x32]

GNU R - System für statistische Berechnungen und Grafik - Kern
dep: r-bioc-biobase

base functions for Bioconductor
dep: r-bioc-biocgenerics (>= 0.7.5)

generic functions for Bioconductor
dep: r-bioc-biocparallel

BioConductor facilities for parallel evaluation
dep: r-bioc-geneplotter [x32]

R package of functions for plotting genomic data
dep: r-bioc-genomicranges

BioConductor representation and manipulation of genomic intervals
dep: r-bioc-iranges

GNU R low-level containers for storing sets of integer ranges
dep: r-bioc-matrixgenerics [nicht x32]

S4 Generic Summary Statistic Functions that Operate on Matrix-Like Objects
dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.23.18)

BioConductor S4 implementation of vectors and lists
dep: r-bioc-summarizedexperiment (>= 1.1.6)

BioConductor assay container
dep: r-cran-ggplot2 [x32]

Implementierung der »Grammar of Graphics«

dep: r-cran-ggplot2 (>= 3.4.0) [nicht x32]
dep: r-cran-locfit

GNU R local regression, likelihood and density estimation
dep: r-cran-matrixstats

GNU R methods that apply to rows and columns of a matrix
dep: r-cran-rcpp (>= 0.11.0)

GNU-R-Paket für die nahtlose Verflechtung von R und C++
dep: r-cran-rcpparmadillo

GNU R package for Armadillo C++ linear algebra library

sug: r-bioc-glmgampoi

GNU R fit a Gamma-Poisson generalized linear model
sug: r-bioc-tximeta

Transcript Quantification Import with Automatic Metadata
sug: r-bioc-tximport

transcript-level estimates for biological sequencing
sug: r-bioc-tximportdata

GNU R various transcript abundance quantifiers
sug: r-cran-biocmanager

access the Bioconductor project package repository
sug: r-cran-knitr

GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming
sug: r-cran-pbapply

GNU R package providing progress bars for vectorized R functions
sug: r-cran-pheatmap

GNU R package to create pretty heatmaps
sug: r-cran-rcolorbrewer

GNU R package providing suitable color palettes
sug: r-cran-readr

GNU R package to read rectangular text data
sug: r-cran-rmarkdown

Konvertierung von R-Markdown-Dokumenten in verschiedene Formate
sug: r-cran-testthat

GNU R testsuite

r-bioc-deseq2 herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen
Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
alpha (inoffizielle Portierung)	1.42.1+dfsg-1	1.231,0 kB	1.740,0 kB	[Liste der Dateien]
amd64	1.42.1+dfsg-1	1.237,3 kB	1.716,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	1.42.1+dfsg-1	1.224,5 kB	1.740,0 kB	[Liste der Dateien]
armel	1.42.1+dfsg-1	1.229,9 kB	1.706,0 kB	[Liste der Dateien]
armhf	1.42.1+dfsg-1	1.227,8 kB	1.642,0 kB	[Liste der Dateien]
hppa (inoffizielle Portierung)	1.42.1+dfsg-1	1.234,4 kB	1.718,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	1.42.1+dfsg-1	1.246,1 kB	1.742,0 kB	[Liste der Dateien]
ia64 (inoffizielle Portierung)	1.42.1+dfsg-1	1.254,7 kB	1.916,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	1.42.1+dfsg-1	1.226,9 kB	1.748,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64 (inoffizielle Portierung)	1.42.1+dfsg-1	1.237,9 kB	1.808,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	1.42.1+dfsg-1	1.237,7 kB	1.804,0 kB	[Liste der Dateien]
riscv64	1.42.1+dfsg-1	1.238,0 kB	1.679,0 kB	[Liste der Dateien]
s390x	1.42.1+dfsg-1	1.240,6 kB	1.731,0 kB	[Liste der Dateien]
sh4 (inoffizielle Portierung)	1.42.1+dfsg-1	1.256,3 kB	1.738,0 kB	[Liste der Dateien]
sparc64 (inoffizielle Portierung)	1.42.1+dfsg-1	1.222,1 kB	2.514,0 kB	[Liste der Dateien]
x32 (inoffizielle Portierung)	1.38.3+dfsg-1	1.258,9 kB	1.736,0 kB	[Liste der Dateien]