Paket: glam2 (1064-9 und andere)

Unterbrochene Protein-Motive aus ungeordneten Sequenzen

GLAM2 ist ein Softwarepaket für das Finden von Motiven in Sequenzen, meist Aminosäuren- oder Nukleotidsequenzen. Ein Motiv ist ein wiederkehrendes Sequenzmuster: typische Beispiele sind die TATA-Box und das CAAX-Prenylierungs-Motiv. Die wichtigste Neuerung von GLAM2 ist, dass es das Einfügen und Löschen in Motiven erlaubt.

Dieses Paket enthält Programme für das Auffinden von Motiven durch einen Satz von gemeinsamen Sequenzen und den Abgleich dieser Motive mit einer Sequenzdatenbank, ebenso wie Dienste für die Konvertierung von glam2-Motiven in übliche Alignment-Formate, die Ausblendung von glam2-Motiven aus Sequenzen zur Auffindung schwächerer Motive und das Entfernen stark ähnlicher Elemente aus einem Satz von Sequenzen.

Das Paket enthält folgende Programme:

  glam2:       Auffinden von Motiven durch einen Satz von gemeinsamen
               Sequenzen;
  glam2scan:   Abgleich dieser Motive mit einer Sequenzdatenbank;
  glam2format: Konvertierung von glam2-Motiven in übliche
               Alignment-Formate;
  glam2mask:   Ausblendung von glam2-Motiven aus Sequenzen zur Auffindung
               schwächerer Motive;
  glam2-purge: Entfernen stark ähnlicher Elemente aus einem Satz von
               Sequenzen.

In diesem Binärpaket wurde die schnelle Fourier-Transformation (FFT-Fast Fourier Transformation) für das Programm glam2 integriert.

Markierungen: Feld: Biologie, Bioinformatik, Implementiert in: implemented-in::c, interface::commandline, Rolle: Programm, Zweck: Hilfswerkzeug, Zweck: use::analysing, use::comparing, Suchen, Unterstützt Formate: works-with-format::TODO, works-with-format::plaintext, Arbeitet mit: Benötige eine zusätzliche Markierung

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