Paket: r-cran-alakazam (1.3.0-2~0exp0)

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Externe Ressourcen:

Homepage [cran.r-project.org]

Experimentelles Paket

Warnung: Dieses Paket stammt aus der Experimental-Distribution. Dies bedeutet, dass es höchstwahrscheinlich instabil oder fehlerhaft ist und sogar Datenverlust verursachen kann. Bitte lesen Sie den Changelog und andere möglicherweise verfügbare Dokumentation, bevor Sie es benutzen.

Immunoglobulin Clonal Lineage and Diversity Analysis

Alakazam is part of the Immcantation analysis framework for Adaptive Immune Receptor Repertoire sequencing (AIRR-seq) and provides a set of tools to investigate lymphocyte receptor clonal lineages, diversity, gene usage, and other repertoire level properties, with a focus on high-throughput immunoglobulin (Ig) sequencing.

Alakazam serves five main purposes:

 * Providing core functionality for other R packages in the Immcantation
   framework. This includes common tasks such as file I/O, basic DNA
   sequence manipulation, and interacting with V(D)J segment and gene
   annotations.
 * Providing an R interface for interacting with the output of the
   pRESTO and Change-O tool suites.
 * Performing lineage reconstruction on clonal populations of Ig
   sequences and analyzing the topology of the resultant lineage trees.
 * Performing clonal abundance and diversity analysis on lymphocyte
   repertoires.
 * Performing physicochemical property analyses of lymphocyte receptor
   sequences.

Andere Pakete mit Bezug zu r-cran-alakazam

hängt ab von

empfiehlt

schlägt vor

erweitert

dep: libc6 (>= 2.14)

GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

GCC Support-Bibliothek
dep: libstdc++6 (>= 13.1)

GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)
dep: r-api-4.0

Paket nicht verfügbar
dep: r-bioc-biostrings (>= 2.72.1)

GNU R string objects representing biological sequences
dep: r-bioc-genomicalignments (>= 1.40.0)

BioConductor representation and manipulation of short genomic alignments
dep: r-bioc-iranges (>= 2.38.1)

GNU R low-level containers for storing sets of integer ranges
dep: r-cran-airr (>= 1.4.1)

GNU R AIRR data representation reference library
dep: r-cran-ape

GNU R package for Analyses of Phylogenetics and Evolution
dep: r-cran-dplyr (>= 1.0)

GNU R grammar of data manipulation
dep: r-cran-ggplot2 (>= 3.4.0)

Implementierung der »Grammar of Graphics«
dep: r-cran-igraph (>= 1.5.0)

GNU R network analysis and visualization
dep: r-cran-matrix (>= 1.3-0)

GNU R - Paket von Klassen für dicht und dünn besetzte Matrizen
dep: r-cran-progress

GNU R terminal progress bars
dep: r-cran-rcpp (>= 0.12.12)

GNU-R-Paket für die nahtlose Verflechtung von R und C++
dep: r-cran-readr

GNU R package to read rectangular text data
dep: r-cran-rlang

Functions for Base Types and Core R and 'Tidyverse' Features
dep: r-cran-scales

Skalierungsfunktionen zur Visualisierung
dep: r-cran-seqinr

GNU R biological sequences retrieval and analysis
dep: r-cran-stringi

GNU-R-Verarbeitungsfunktionen für Strings
dep: r-cran-tibble

GNU R Simple Data Frames
dep: r-cran-tidyr (>= 1.0)

GNU R package to easily tidy data

sug: r-cran-knitr

GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming
sug: r-cran-rmarkdown

Konvertierung von R-Markdown-Dokumenten in verschiedene Formate
sug: r-cran-testthat

GNU R testsuite

r-cran-alakazam herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen
Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
amd64	2.364,9 kB	2.851,0 kB	[Liste der Dateien]