Paket: hmmer (3.2.1+dfsg-1)

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Homepage [hmmer.org]

Profil-Hidden-Markov-Modelle für Protein-Sequenzanalyse

HMMER ist eine Implementierung der Profile-Hidden-Markov-Modelle für eine sensitive Suche in biologischen Sequenzdatenbanken mit multiplen Sequenzalignments als Anfragen.

Mit einem multiplen Sequenzalignment als Eingabe baut HMMER ein statistisches Modell, genannt »Hidden-Markov-Modell«. Mit diesem kann in Sequenzdatenbanken nach homologen Sequenzen gesucht werden. Dabei können gleichzeitig, der gesuchten Proteinfamilie zugehörige, Sequenzen alignt werden.

Markierungen: Biologie: Clustal/ALN, Proteine, Feld: field::biology, field::biology:bioinformatics, Implementiert in: implemented-in::c, interface::commandline, Rolle: Programm, Zweck: Hilfswerkzeug, Zweck: use::searching, works-with-format::plaintext, Arbeitet mit: Datenbanken

Andere Pakete mit Bezug zu hmmer

hängt ab von

empfiehlt

schlägt vor

erweitert

dep: libc6 (>= 2.27)

GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb
dep: libdivsufsort3 (>= 2.0.1)

fast suffix array construction

sug: hmmer-doc (>= 3.2.1+dfsg-1)

profile hidden Markov models for protein sequence analysis (docs)

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Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
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i386	1.169,7 kB	12.159,0 kB	[Liste der Dateien]