Paket: hhsuite (3.0~beta3+dfsg-3)
Links für hhsuite
Debian-Ressourcen:
Quellcode-Paket hhsuite herunterladen:
- [hhsuite_3.0~beta3+dfsg-3.dsc]
- [hhsuite_3.0~beta3+dfsg.orig.tar.xz]
- [hhsuite_3.0~beta3+dfsg-3.debian.tar.xz]
Betreuer:
- Debian Med Packaging Team (QS-Seite, E-Mail-Archiv)
- Laszlo Kajan (QS-Seite)
- Andreas Tille (QS-Seite)
- Sascha Steinbiss (QS-Seite)
Externe Ressourcen:
- Homepage [toolkit.tuebingen.mpg.de]
Ähnliche Pakete:
Sensible Proteinsequenzsuchen, basierend auf HMM-HMM-Alignment
HH-suite ist ein quelloffenes Softwarepaket für sensible Proteinsequenzsuchen, basierend auf paarweisen Alignments von Hidden-Markov-Modellen (HMMe).
Dieses Paket enthält HHsearch, HHblits sowie weitere Programme und Hilfswerkzeuge.
HHsearch akzeptiert als Eingabe ein multiples Sequenzalignment (MSA) oder Profil-HMM und durchsucht eine HMM-Datenbank (z.B. PDB, Pfam oder InterPRo) nach homologen Proteinen. HHsearch wird oft bei Proteinstrukturvorhersagen verwendet, um homologe Matrizen (Templates) zu erkennen und hochakkurate paarweise Alignments mit Abfrage-Matrizen für Homology Modelling zu erstellen.
HHblits kann hochqualitative MSAs aus einzelnen Sequenzen oder aus MSAs erstellen. Es transformiert diese in ein Abfrage-HMM und fügt der aktualisierten Abfrage-HMM - mittels iterativer Suche - signifikant ähnliche Sequenzen der vorherigen Suche hinzu, um diese bei der nächsten Suchiteration zu verwenden. HHblits ist verglichen mit PSI-BLAST schneller, bis zu doppelt so sensibel und erstellt genauere Alignments.
Andere Pakete mit Bezug zu hhsuite
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- dep: ffindex (>= 0.9.9.8)
- simple index/database for huge amounts of small files
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- dep: hhsuite-data (= 3.0~beta3+dfsg-3)
- sensitive protein sequence searching based on HMM-HMM alignment (data)
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- dep: libc6 (>= 2.27)
- GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb
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- dep: libffindex0 (>= 0.9.9.9)
- library for simple index/database for huge amounts of small files
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- dep: libgcc1 (>= 1:3.0)
- GCC Support-Bibliothek
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- dep: libgomp1 (>= 4.9)
- Unterstützungsbibliothek für GCC OpenMP (GOMP)
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- dep: libstdc++6 (>= 5.2)
- GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)
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- dep: python
- Interaktive objektorientierte Hochsprache (Python2-Version)
hhsuite herunterladen
| Architektur | Paketgröße | Größe (installiert) | Dateien |
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| amd64 | 1.007,9 kB | 7.803,0 kB | [Liste der Dateien] |