Paket: r-cran-ape (5.4-1-1)
Links für r-cran-ape
Debian-Ressourcen:
Quellcode-Paket r-cran-ape herunterladen:
Betreuer:
Externe Ressourcen:
- Homepage [cran.r-project.org]
Ähnliche Pakete:
GNU R package for Analyses of Phylogenetics and Evolution
This package provides functions for reading, writing, plotting, and manipulating phylogenetic trees, analyses of comparative data in a phylogenetic framework, ancestral character analyses, analyses of diversification and macroevolution, computing distances from DNA sequences, reading and writing nucleotide sequences as well as importing from BioConductor, and several tools such as Mantel's test, generalized skyline plots, graphical exploration of phylogenetic data (alex, trex, kronoviz), estimation of absolute evolutionary rates and clock-like trees using mean path lengths and penalized likelihood, dating trees with non-contemporaneous sequences, translating DNA into AA sequences, and assessing sequence alignments. Phylogeny estimation can be done with the NJ, BIONJ, ME, MVR, SDM, and triangle methods, and several methods handling incomplete distance matrices (NJ*, BIONJ*, MVR*, and the corresponding triangle method). Some functions call external applications (PhyML, Clustal, T-Coffee, Muscle) whose results are returned into R.
Andere Pakete mit Bezug zu r-cran-ape
|
|
|
|
-
- dep: libc6 (>= 2.29)
- GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.0)
- GCC Support-Bibliothek
-
- dep: liblapack3
- Bibliothek von Routinen für Lineare Algebra (3) - gemeinsame Version
- oder liblapack.so.3
- virtuelles Paket, bereitgestellt durch libatlas3-base, liblapack3, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial
-
- dep: libstdc++6 (>= 5.2)
- GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)
-
- dep: r-api-4.0
- virtuelles Paket, bereitgestellt durch r-base-core
-
- dep: r-base-core (>= 4.0.2-1)
- GNU R - System für statistische Berechnungen und Grafik - Kern
-
- dep: r-cran-lattice
- GNU-R-Paket für »Trellis«-Grafiken
-
- dep: r-cran-nlme
- GNU-R-Paket für (nicht-)lineare gemischte Modelle
-
- dep: r-cran-rcpp (>= 0.12.0)
- GNU-R-Paket für die nahtlose Verflechtung von R und C++
-
- sug: clustalw
- Globale multiple Alignments von Nukleotid- oder Peptidsequenzen
-
- sug: muscle
- Programm zur Ausrichtung mehrerer Proteinsequenzen
-
- sug: phyml
- Phylogenetic estimation using Maximum Likelihood
-
- sug: r-cran-expm
- GNU R - Berechnung der Matrix-Exponentialfunktion und verwandter Funktionen
-
- sug: r-cran-gee
- Generalized Estimation Equation Solver
-
- sug: r-cran-igraph
- GNU R network analysis and visualization
-
- sug: t-coffee
- Multiple Sequence Alignment
r-cran-ape herunterladen
| Architektur | Paketgröße | Größe (installiert) | Dateien |
|---|---|---|---|
| s390x | 2.150,5 kB | 2.529,0 kB | [Liste der Dateien] |