Paket: ecopcr (1.0.1+dfsg-2)

Abschätzen der Qualität von PCR-Barcode-Primern

DNA-Barcoding ist ein Werkzeug zur Charakterisierung des Spezienursprungs unter Verwendung einer kurzen Sequenz von einer vereinbarten Standardposition im Genom. Für die Verwendung als DNA-Barcode sollte der betrachtete Genomabschnitt von Individuen der gleichen Spezies nur in einem geringen Maße variieren, wohingegen bei Individuen unterschiedlicher Spezies eine ausgeprägte Variation vorliegen sollte. Für eine praktische Anwendungsweise sollte der Genomabschnitt von zwei konservierten Regionen flankiert sein, um eine Erstellung von PCR-Primern zu ermöglichen. Mehrere manuell entdeckte Barcode-Loci, wie COI, rbcL, 18S, 16S und 23S rDNA, oder trnH-ps finden heutzutage routinemäßige Verwendung. Allerdings wurde noch keine objektive Funktion beschrieben, mit deren Hilfe die Qualität bezüglich Allgemeingültigkeit (»barcode coverage, Bc«) oder bezüglich der Fähigkeit taxonomischer Unterscheidung (»barcode specificity, Bs«) quantifiziert werden kann.

ecoPCR ist eine von LECA und dem Helix-Projekt entwickelte elektronische PCR-Software. Diese hilft bei der Abschätzung der Qualität von PCR-Barcode-Primern. In Verbindung mit den OBITools können ecoPCR-Ausgaben nachbearbeitet und somit »barcode coverage« und »barcode specificity« berechnet werden. Neue Barcode-Primer können unter Verwendung der Software ecoPrimers entwickelt werden.

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