Paket: mustang (3.2.3-4)

Struktur-Alignment mehrerer Proteine

Mustang ist ein Algorithmus, um mehrere Protein-Strukturen miteinander abzugleichen. Aus einem Satz von PDB-Dateien (Protein Data Bank, PDB) bestimmt das Programm unter Ausnutzung der räumlichen Informationen in den Calpha-Atomen die einander zuzuordnenden Aminosäuren. Dies ist für verschiedene Bereiche des Proteins auch unterschiedlich gut möglich. Anschließend werden die Proteine paarweise miteinander verglichen, und so in mehreren Durchgängen mit einer Heuristik das Ergebnis zunehmend verfeinert. Schließlich gibt Mustang die Zuordnung der Protein-Sequenzen (das Alignment) und auch die entsprechende räumliche Überlagerung von Strukturen aus.

Markierungen: Biologie: Proteine, Feld: Biologie, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, Benutzer-Schnittstellen: Kommandozeile, Rolle: role::program, use::analysing, Zweck: Vergleichen, Unterstützt Formate: Reiner Text

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